Võrgupõhine variantide kutsumine — graaf-genoomi genotüüpimine
Võrgupõhine (graaf-genoomi) variantide kutsumine asendab tavapärase ühe lineaarse referentsgenoomiga variatsioonigraafiga — võrgustikuga, kus sõlmed esindavad sekventsi lõike ja servad esindavad teadaolevaid alternatiivseid teid genoomis. Lugemid kaardistatakse sellele graafile, võimaldades SNP-de, indelite ja struktuuriliste variantide tuvastamist oluliselt väiksema referentsi nihkega kui lineaarreferentsi töötlusliinid. Peamised tööriistad hõlmavad variatsioonigraafi tööriistakomplekti (vg) ja Graphtyperit.
Loe meetodi täielikku kirjeldust
Selle osa lugemiseks logi sisse tasuta kontoga.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Allikad
- Garrison, E., Sirén, J., Novak, A. M., Hickey, G., Eizenga, J. M., Dawson, E. T., Jones, W., Garg, S., Markello, C., Lin, M. F., Paten, B., & Durbin, R. (2018). Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference. Nature Biotechnology, 36(9), 875–879. DOI: 10.1038/nbt.4227 ↗
- Eggertsson, H. P., Jonsson, H., Kristmundsdottir, S., Hjartarson, E., Kehr, B., Masson, G., Zink, F., Hjorleifsson, K. E., Jonasdottir, A., Jonasdottir, A., Jonsdottir, I., Gudbjartsson, D. F., Melsted, P., Stefansson, K., & Halldorsson, B. V. (2017). Graphtyper enables population-scale genotyping using pangenome graphs. Nature Genetics, 49(11), 1654–1660. DOI: 10.1038/ng.3964 ↗
Kuidas sellele lehele viidata
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based (Graph-genome) Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/et/bioinformatics/network-based-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Bayesian Variant CallingBioinformaatika↔ compare
- Kopiarvu variatsiooni analüüsBioinformaatika↔ compare
- Genoomiassotsieerimis-uuring (GWAS)Bioinformaatika↔ compare
- RNA-seq diferentsiaalne ekspressioonBioinformaatika↔ compare
- Järjestuste joondamineBioinformaatika↔ compare
- Variant CallingBioinformaatika↔ compare
Märkasid sellel lehel viga? Teata sellest või paku parandust →