Peak-Calling für Single-Cell-ChIP-seq — Epigenomisches Profiling von scChIP-seq
Das Peak-Calling für Single-Cell-ChIP-seq ist eine bioinformatische Pipeline, die genomische Regionen identifiziert, die in einzelnen Zellen für Histonmodifikationen oder die Bindung von Transkriptionsfaktoren angereichert sind. Durch die Profilerstellung von Chromatinzuständen mit Einzelzellauflösung deckt sie epigenomische Heterogenität auf, die in Bulk-ChIP-seq-Experimenten verborgen bleibt, und ermöglicht es Forschern, regulatorische Landschaften über verschiedene Zellpopulationen innerhalb einer komplexen Gewebeprobe hinweg abzubilden.
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Quellen
- Grosselin, K., Durand, A., Marsolier, J., Poitou, A., Marangoni, E., Nemati, F., ... & Vallot, C. (2019). High-throughput single-cell ChIP-seq identifies heterogeneity of chromatin states in breast cancer. Nature Genetics, 51(6), 1060-1066. link ↗
- Ku, W. L., Nakamura, K., Gao, W., Cui, K., Hu, G., Tang, Q., ... & Zhao, K. (2019). Single-cell chromatin immunocleavage sequencing (scChIC-seq) to profile histone modification. Nature Methods, 16(4), 323-325. link ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/de/bioinformatics/single-cell-chip-seq-peak-calling
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