Einzelzell-Sequenzalignment — scRNA-seq Read Mapping
Einzelzell-Sequenzalignment ist der rechnerische Schritt, der Millionen von kurzen Sequenzierungsreads, die bei Einzelzell-RNA-seq-Experimenten erzeugt werden, auf ein Referenzgenom oder Transkriptom zurückführt. Im Gegensatz zum Bulk-RNA-seq-Alignment trägt jeder Read einen Zell-Barcode und einen Unique Molecular Identifier (UMI), die zusammen die Ursprungszelle und das einzelne RNA-Molekül identifizieren. Genaues Alignment und Barcode-Demultiplexing sind Voraussetzungen für die Erstellung der Zell-Gen-Zählmatrix, die alle nachgeschalteten Einzelzell-Analysen steuert.
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Quellen
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/de/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
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