Binning metagenòmic
El binning metagenòmic (o agrupament metagenòmic) particiona contigs assemblats de comunitats microbianes complexes en grups (bins) distints, cadascun representant un organisme o soca individual. Pionera per Banfield i col·laboradors, aquesta pipeline aïlla genomes d'un sol organisme (metagenome-assembled genomes o MAGs) de mostres ambientals sense necessitat d'aïllats cultivats.
Llegeix el mètode complet
Inicia la sessió amb un compte gratuït per llegir aquesta secció.
Mapa de mètodes
El veïnat de mètodes relacionats — seleccioneu un node per explorar-lo.
Fonts
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Com citar aquesta pàgina
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/ca/bioinformatics/metagenomic-binning
Quin mètode?
Poseu aquest mètode al costat dels seus parents més pròxims i llegiu-los de costat a costat — la biblioteca disposa els llibres sobre la taula; la tria és vostra.
- Anàlisi de cribratges CRISPRBioinformàtica↔ compara
- Muntatge de transcripció *de novo*Bioinformàtica↔ compara
- Cerca de perfils HMMERBioinformàtica↔ compara
Citat per
Has vist cap problema en aquesta pàgina? Informa'n o suggereix una correcció →