Muntatge de transcripció *de novo*
El muntatge de transcripció *de novo* reconstrueix seqüències completes d'ARN missatger directament a partir de lectures de seqüenciació sense necessitat d'un genoma de referència. Pionera per Regev, Haas i col·legues, aquesta canalització permet el descobriment de transcripcions en organismes no model i la detecció de noves isoformes, gens de fusió i variants d'splicing.
Llegeix el mètode complet
Inicia la sessió amb un compte gratuït per llegir aquesta secció.
Mapa de mètodes
El veïnat de mètodes relacionats — seleccioneu un node per explorar-lo.
Fonts
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Com citar aquesta pàgina
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/ca/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Quin mètode?
Poseu aquest mètode al costat dels seus parents més pròxims i llegiu-los de costat a costat — la biblioteca disposa els llibres sobre la taula; la tria és vostra.
- Anàlisi de cribratges CRISPRBioinformàtica↔ compara
- Cerca de perfils HMMERBioinformàtica↔ compara
- Binning metagenòmicBioinformàtica↔ compara
Citat per
Has vist cap problema en aquesta pàgina? Informa'n o suggereix una correcció →