Извикване на пикове в ChIP-seq — Извикване на пикове при имунопреципитация с последващо секвениране на хроматин
Извикването на пикове в ChIP-seq е изчислителен конвейер, който идентифицира геномни региони, където даден протеин представляващ интерес — транскрипционен фактор или модификация на хистони — е обогатен, въз основа на секвениращи четения от експерименти с имунопреципитация на хроматин. Той преобразува суровите данни от секвениране в набор от високоуверени места на свързване или модификация в целия геном, което позволява последващ анализ на генната регулация, състоянието на хроматина и епигенетичните механизми.
Прочетете целия метод
Влезте с безплатен профил, за да прочетете този раздел.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
+3 more
Източници
- Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137 ↗
- Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗
Как да цитирате тази страница
ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/bg/bioinformatics/chip-seq-peak-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- ATAC-seq анализГенетика↔ compare
- Епигенетомно-широк асоциативен анализ (EWAS)Биоинформатика↔ compare
- RNA-seq анализ на диференциална експресияБиоинформатика↔ compare
- Подравняване на последователностиБиоинформатика↔ compare
- Анализ на едноклетъчна РНК секвенция (scRNA-seq)Биоинформатика↔ compare
- Вариантно призоваванеБиоинформатика↔ compare
Цитиран в
Забелязахте ли проблем на тази страница? Съобщете или предложете поправка →