Process / pipelineBioinformatics / omics

Извикване на пикове в ChIP-seq — Извикване на пикове при имунопреципитация с последващо секвениране на хроматин

Извикването на пикове в ChIP-seq е изчислителен конвейер, който идентифицира геномни региони, където даден протеин представляващ интерес — транскрипционен фактор или модификация на хистони — е обогатен, въз основа на секвениращи четения от експерименти с имунопреципитация на хроматин. Той преобразува суровите данни от секвениране в набор от високоуверени места на свързване или модификация в целия геном, което позволява последващ анализ на генната регулация, състоянието на хроматина и епигенетичните механизми.

Отворете в MethodMindСкороВидеоСкороDownload slides

Прочетете целия метод

Само за членове

Влезте с безплатен профил, за да прочетете този раздел.

Вход

Method map

The neighbourhood of related methods — select a node to explore.

+3 more

Източници

  1. Zhang, Y., Liu, T., Meyer, C. A., Eeckhoute, J., Johnson, D. S., Bernstein, B. E., Nusbaum, C., Myers, R. M., Brown, M., Li, W., & Liu, X. S. (2008). Model-based analysis of ChIP-seq (MACS). Genome Biology, 9(9), R137. DOI: 10.1186/gb-2008-9-9-r137
  2. Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., Bernstein, B. E., Bickel, P., Brown, J. B., Cayting, P., Chen, Y., DeSalvo, G., Epstein, C., Fisher-Aylor, K. I., Euskirchen, G., Gerstein, M., Gertz, J., Hartemink, A. J., Hoffman, M. M., ... Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111

Как да цитирате тази страница

ScholarGate. (2026, June 3). Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/bg/bioinformatics/chip-seq-peak-calling

Which method?

Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.

Compare side by side

Цитиран в

ScholarGateChIP-seq Peak Calling (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling). Извлечено на 2026-06-15 от https://scholargate.app/bg/bioinformatics/chip-seq-peak-calling · Набор от данни: https://doi.org/10.5281/zenodo.20539026