Phân loại và Nhận dạng Nấm
Phân loại và nhận dạng nấm là một nhánh của nấm học liên quan đến cách nấm được phân loại vào một hệ thống phân cấp tiến hóa mạch lạc và cách các chủng riêng lẻ được nhận biết và đặt tên. Nó bao gồm sự phân chia cấp cao hơn của giới nấm thành các ngành như Ascomycota và Basidiomycota, các đặc điểm hình thái và phân tử được sử dụng để phân biệt các đơn vị phân loại, và các quy trình thực tế để nhận dạng nấm lâm sàng hoặc môi trường.
Definition
Phân loại nấm là việc phân loại và đặt tên có hệ thống cho nấm trong một khuôn khổ tiến hóa, trong khi nhận dạng nấm là quá trình gán một chủng chưa biết vào một đơn vị phân loại đã biết bằng cách sử dụng các đặc điểm hình thái, sinh hóa và phân tử.
Scope
Lĩnh vực này định hướng cho người đọc về phân loại hiện đại của giới Nấm và các phương pháp được sử dụng để nhận dạng nấm ở cấp độ chi và loài. Nó giới thiệu ba chủ đề: hai phân ngành lớn nhất (Ascomycota và Basidiomycota), nấm zygomycete và các phân ngành khác, và các phương pháp nhận dạng hình thái và phân tử làm nền tảng cho cả phân loại và nấm học chẩn đoán. Đây là một tổng quan tham khảo, không phải là một giao thức chẩn đoán hoặc điều trị.
Sub-topics
Core questions
- Giới Nấm được chia thành các ngành như thế nào và phát sinh chủng loại phân tử đã định hình lại sự phân chia đó như thế nào?
- Những cấu trúc hình thái và sinh sản nào phân biệt các nhóm nấm chính?
- Nấm lâm sàng và môi trường được nhận dạng như thế nào, và hình thái học, giải trình tự và khối phổ áp dụng ở đâu?
- Tại sao các nhóm cũ hơn như 'zygomycetes' và nhóm hình thái 'Fungi imperfecti' đã được sửa đổi?
Key concepts
- Giới Nấm và các ngành của nó
- Ascomycota và Basidiomycota
- Nấm Zygomycete (Mucoromycota và các dòng liên quan)
- Nhận dạng hình thái (sợi nấm, bào tử, cấu trúc thể quả)
- Mã vạch DNA và vùng ITS
- Phát sinh chủng loại phân tử
- Teleomorph, anamorph, và sự chuyển đổi sang một nấm, một tên
- Nhận dạng bằng khối phổ MALDI-TOF
Mechanisms
Phân loại dựa trên các mối quan hệ tiến hóa suy luận: tổ tiên chung được tái tạo từ các đặc điểm hình thái (ví dụ như loại thể quả sinh sản hữu tính) và, ngày càng nhiều, từ dữ liệu trình tự DNA, sao cho các nhóm được đặt tên tương ứng với các dòng đơn ngành nếu có thể. Hibbett và các đồng nghiệp (2007) đã tổng hợp bằng chứng phân tử và hình thái thành một phân loại cấp cao hơn của giới, và vùng trình tự lặp lại bên trong phiên mã (ITS) đã được chấp nhận làm mã vạch DNA phổ quát cho nấm (Schoch et al., 2012), mang lại cho việc nhận dạng một loại tiền tệ chung dựa trên trình tự bổ sung cho kính hiển vi và nuôi cấy truyền thống.
Clinical relevance
Nhận dạng chính xác là nền tảng của nấm học chẩn đoán vì chi và loài của nấm cung cấp thông tin về hành vi và cách xử lý trong phòng thí nghiệm dự kiến, và mô bệnh học vẫn là một công cụ cốt lõi để nhận biết các yếu tố nấm trong mô (Guarner & Brandt, 2011). Lĩnh vực này mô tả cách nấm được đặt tên và nhận biết và cách kiến thức đó hỗ trợ chẩn đoán trong phòng thí nghiệm; nó không phải là nguồn hướng dẫn chẩn đoán hoặc điều trị cá nhân.
Evidence & guidelines
Khung tham chiếu cho lĩnh vực này là phân loại phân tử-phát sinh chủng loại của giới Nấm được củng cố bởi Hibbett et al. (2007) và tổng hợp Deep Hypha (Blackwell et al., 2006), cùng với tiêu chuẩn mã vạch ITS (Schoch et al., 2012). Nhận dạng chẩn đoán bổ sung dựa trên các đánh giá mô bệnh học và phòng thí nghiệm như của Guarner và Brandt (2011).
History
Phân loại nấm ban đầu được xây dựng dựa trên các cấu trúc sinh sản có thể nhìn thấy, phân chia nấm theo cách chúng tạo ra bào tử hữu tính và nhóm các dạng vô tính riêng biệt thành cái gọi là Fungi imperfecti. Từ cuối thế kỷ XX trở đi, giải trình tự DNA cho phép kiểm tra trực tiếp các mối quan hệ tiến hóa; sáng kiến Deep Hypha (Blackwell et al., 2006) và phân loại cấp cao hơn của Hibbett et al. (2007) đã tổ chức lại giới theo các dòng phát sinh chủng loại, và mã vạch ITS (Schoch et al., 2012) đã tiêu chuẩn hóa nhận dạng phân tử.
Key figures
- David Hibbett
- Meredith Blackwell
- John W. Taylor
- Conrad Schoch
Related topics
Seminal works
- hibbett-2007
- schoch-2012
- blackwell-2006
Frequently asked questions
- Các phân ngành chính của giới nấm là gì?
- Hai phân ngành lớn nhất là Ascomycota (nấm túi) và Basidiomycota (nấm mũ); các dòng khác bao gồm nấm zygomycete hiện được xếp vào Mucoromycota và các ngành liên quan, cùng với các nhóm phân nhánh sớm như Chytridiomycota.
- Nấm được nhận dạng trong phòng thí nghiệm như thế nào?
- Nhận dạng kết hợp hình thái dưới kính hiển vi, đặc điểm nuôi cấy và các phương pháp phân tử như giải trình tự ITS, với khối phổ ngày càng được sử dụng để nhận dạng nhanh chóng; sự kết hợp phù hợp phụ thuộc vào sinh vật và môi trường.