Метагеномне бінінґування
Метагеномне бінінґування (metagenomic binning) розділяє зібрані контиги зі складних мікробних спільнот на окремі геномні пули (genome bins), кожен з яких представляє індивідуальний організм або штам. Цей конвеєр, піонером якого є група Банілда, дозволяє виділяти геноми окремих організмів (метагеномно зібрані геноми, або MAGs) з екологічних зразків без необхідності культивування ізолятів.
Читати метод повністю
Увійдіть із безкоштовним обліковим записом, щоб прочитати цей розділ.
Карта методів
Околиця споріднених методів — виберіть вузол, щоб дослідити.
Джерела
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Як цитувати цю сторінку
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/uk/bioinformatics/metagenomic-binning
Який метод?
Поставте цей метод поруч із його найближчими спорідненими й читайте їх пліч-о-пліч — бібліотека викладає книги на стіл; вибір за вами.
- Аналіз CRISPR-скринінгівБіоінформатика↔ порівняти
- Де ново збірка транскриптомуБіоінформатика↔ порівняти
- Пошук за профілями HMMERБіоінформатика↔ порівняти
Згадується в
Помітили помилку на цій сторінці? Повідомте про неї або запропонуйте виправлення →