Де ново збірка транскриптому
Де ново збірка транскриптому реконструює повнорозмірні послідовності месенджерної РНК безпосередньо з секвенувальних зчитувань, не вимагаючи референсного геному. Розроблений Регевом, Хаасом та їхніми колегами, цей конвеєр дозволяє виявляти транскрипти у немодельних організмів та ідентифікувати нові ізоформи, злиті гени та варіанти сплайсингу.
Читати метод повністю
Увійдіть із безкоштовним обліковим записом, щоб прочитати цей розділ.
Карта методів
Околиця споріднених методів — виберіть вузол, щоб дослідити.
Джерела
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Як цитувати цю сторінку
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/uk/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Який метод?
Поставте цей метод поруч із його найближчими спорідненими й читайте їх пліч-о-пліч — бібліотека викладає книги на стіл; вибір за вами.
- Аналіз CRISPR-скринінгівБіоінформатика↔ порівняти
- Пошук за профілями HMMERБіоінформатика↔ порівняти
- Метагеномне бінінґуванняБіоінформатика↔ порівняти
Згадується в
Помітили помилку на цій сторінці? Повідомте про неї або запропонуйте виправлення →