Sitogenetik ve FISH Teknikleri
Sitogenetik teknikler kromozomları sayısal ve yapısal anormallikler açısından incelerken, floresan in situ hibridizasyon (FISH) etiketli DNA problarını kullanarak belirli dizileri doğrudan hücreler içinde veya kromozom yaymaları üzerinde aydınlatmaktadır. Birlikte, tüm kromozom analizini ve diziye özgü moleküler tespiti bir araya getirmektedirler.
Tanım
Sitogenetik ve FISH teknikleri, hücreler içindeki kromozomal anormallikleri ve belirli DNA dizilerini tespit eden ve lokalize eden yöntemlerdir; FISH, tamamlayıcı hedef dizilere hibridize olan floresan etiketli nükleik asit probları kullanmaktadır.
Kapsam
Bu konu, geleneksel karyotiplemeyi, lokus ve kromozom özgü problar için FISH'i ve genom çapında kopya sayısı değerlendirmesi için karşılaştırmalı genomik hibridizasyonu kapsamaktadır. Bu teknikler, kromozomal ve subkromozomal değişikliklerin nasıl görselleştirildiğine dair metodolojik bir referans materyali olarak ele alınmakta, klinik test rehberliği olarak sunulmamaktadır.
Anahtar kavramlar
- Karyotipleme
- Floresan in situ hibridizasyon (FISH)
- Lokusa özgü ve sentromerik problar
- Kromozomal yeniden düzenlenmeler ve anöploidi
- Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (CGH)
- Kopya sayısı artışları ve kayıpları
- İnterfaz ve metafaz analizi
Mekanizmalar
Geleneksel sitogenetik, bölünen hücreleri metafazda durdurmakta, kromozomları yaymakta ve boyamakta, ardından sayısal ve yapısal anormallikleri tespit etmek için bantlama paternini okumaktadır. FISH ise bunun yerine, sabitlenmiş hücrelerdeki tamamlayıcı hedef dizilerine hibridize olan floresan etiketli tek sarmallı DNA probları uygulamaktadır; bağlanan prob, floresan mikroskopisi ile görselleştirilmekte, böylece bir dizi bir kromozoma veya interfaz çekirdeğine lokalize edilmektedir (Pinkel ve ark., 1986). Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon, farklı şekilde etiketlenmiş test ve referans DNA'yı birlikte hibridize ederek ve floresan oranlarını karşılaştırarak bu prensibi tüm genoma genişletmekte, böylece kopya sayısı artışlarını ve kayıplarını haritalamaktadır (Kallioniemi ve ark., 1992).
Klinik önem
Bu teknikler, konjenital ve edinilmiş bozukluklarla ilgili kromozomal anormallikleri ve yapısal yeniden düzenlenmeleri tespit etmek için kullanılmaktadır. Bu madde, yöntemlerin kromozomları ve dizileri nasıl görselleştirdiğini bir referans olarak açıklamaktadır; hasta bakımında herhangi bir spesifik sitogenetik testin istenmesi veya yorumlanması konusunda rehberlik sağlamamaktadır.
Kanıt ve kılavuzlar
Bu yöntemler, yüksek hassasiyetli floresan hibridizasyonu (Pinkel ve ark., 1986) ve solid tümörler için karşılaştırmalı genomik hibridizasyonu (Kallioniemi ve ark., 1992) tanıtan temel birincil çalışmalara dayanmaktadır. Detaylı analiz ve raporlama standartları, profesyonel sitogenetik kuruluşları tarafından sürdürülmekte ve laboratuvar uygulamalarında referans alınmaktadır.
Tarihçe
İnsan sitogenetiği, yirminci yüzyılın ortalarında güvenilir kromozom sayımı ve bantlama yöntemleriyle olgunlaşmıştır. 1986'da kantitatif, yüksek hassasiyetli floresan in situ hibridizasyonun tanıtılması, kromozom analizine diziye özgü çözünürlük katmıştır (Pinkel ve ark., 1986) ve 1992'de karşılaştırmalı genomik hibridizasyon, genom çapında kopya sayısı araştırmalarını mümkün kılmıştır (Kallioniemi ve ark., 1992), günümüzün dizi ve dizileme tabanlı kopya sayısı yöntemlerinin habercisi olmuştur.
Öne çıkan isimler
- Daniel Pinkel
- Joe W. Gray
- Anne Kallioniemi
İlgili konular
Temel eserler
- pinkel-1986
- kallioniemi-1992
Sıkça sorulan sorular
- FISH, geleneksel karyotiplemeye ne katmaktadır?
- Karyotipleme, tüm kromozomları ve büyük yapısal değişiklikleri göstermektedir; FISH ise etiketli probları kullanarak belirli dizileri veya yeniden düzenlenmeleri tespit etmektedir, buna tam bir karyotipin yapılamadığı bölünmeyen interfaz hücreleri de dahildir.
- Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon, kopya sayısı değişikliklerini nasıl tespit etmektedir?
- Farklı şekilde etiketlenmiş test ve referans DNA'yı aynı hedefe birlikte hibridize etmekte ve floresan oranlarını karşılaştırmaktadır; test sinyalinin nispeten daha yüksek veya daha düşük olduğu bölgeler, genomik artışları veya kayıpları işaret etmektedir.