เปรียบเทียบวิธี
ดูวิธีที่เลือกเทียบกันแบบเคียงข้าง แถวที่ต่างกันจะถูกเน้นไว้
| Metagenomic Binning× | การค้นหาโปรไฟล์ HMMER× | |
|---|---|---|
| สาขาวิชา | ชีวสารสนเทศศาสตร์ | ชีวสารสนเทศศาสตร์ |
| ตระกูล | Process / pipeline | Process / pipeline |
| ปีกำเนิด≠ | 2011 | 1994 |
| ผู้ริเริ่ม≠ | Jillian Banfield | Sean Eddy |
| ประเภท≠ | Sequence assembly and clustering pipeline | Probabilistic sequence search pipeline |
| แหล่งต้นตำรับ≠ | Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI ↗ | Krogh, A., Brown, M., Mian, I. S., Sjölander, K., & Haussler, D. (1994). Hidden Markov models in computational biology: applications to protein modeling. Journal of Molecular Biology, 235(5), 1501-1531. DOI ↗ |
| ชื่อเรียกอื่น | metagenomic assembly, genome binning, MAG recovery | profile-hidden Markov model, HMM profile search, HMMER |
| ที่เกี่ยวข้อง | 3 | 3 |
| สรุป≠ | Metagenomic binning partitions assembled contigs from complex microbial communities into distinct genome bins, each representing an individual organism or strain. Pioneered by Banfield and colleagues, this pipeline isolates single-organism genomes (metagenome-assembled genomes or MAGs) from environmental samples without requiring cultivated isolates. | HMMER profile search identifies distant protein sequence homologs using probabilistic models of protein families, known as profile Hidden Markov Models (HMMs). Developed by Eddy and colleagues, this method captures sequence variation patterns within protein families and detects homologs with far greater sensitivity than position-weight matrices or pairwise alignment. |
| ScholarGateชุดข้อมูล ↗ |
|
|