เปรียบเทียบวิธี

	การวิเคราะห์การคัดกรอง CRISPR	การประกอบทรานสคริปโตมแบบเดโนโว
สาขาวิชา	ชีวสารสนเทศศาสตร์	ชีวสารสนเทศศาสตร์
ตระกูล	Process / pipeline	Process / pipeline
ปีกำเนิด	2013	2011
ผู้ริเริ่ม	Feng Zhang	Aviv Regev
ประเภท	High-throughput genetic screen pipeline	Sequence assembly pipeline
แหล่งต้นตำรับ	Shalem, O., Sanjana, N. E., Hartenian, E., Shi, X., Scott, D. A., Mikkelsen, T. S., ... & Zhang, F. (2014). Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening in human cells. Science, 343(6166), 84-87.	Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652.
ชื่อเรียกอื่น	CRISPR pooled screen, genetic screen analysis	transcriptome assembly, de novo assembly, RNA-Seq assembly
ที่เกี่ยวข้อง	3	3
สรุป	CRISPR screen analysis processes data from pooled genetic screens using CRISPR-Cas9 to identify genes required for cell growth, survival, or phenotype in specific conditions. Developed by Zhang, Sanjana, and others, this computational pipeline transforms sequencing readouts of guide RNA abundances into ranked lists of functional genes.	De novo transcriptome assembly reconstructs full-length messenger RNA sequences directly from sequencing reads without requiring a reference genome. Pioneered by Regev, Haas, and colleagues, this pipeline enables transcript discovery in non-model organisms and detection of novel isoforms, fusion genes, and splice variants.