Process / pipelineTranscriptomics

Sintetizim Transkriptomik De Novo

Sintetizimi de novo i transkriptomit rikonstruhton sekuencat e plota te acidit ribonukleik mesazher (mRNA) drejtperdrej nga leximet e sekuencimit pa pasur nevoje per nje reference gjenomike. Pionier i kesaj metode, Regev, Haas dhe kolegët e tyre, ky pipeline mundeson zbulimin e transkripteve ne organizma jo-model dhe identifikimin e izoformeve te reja, gjeneve te bashkuara dhe varianeteve te ndryshimit te prerjes (splice variants).

Hapeni në MethodMindSë shpejtiVideoSë shpejtiShkarko diapozitivat

Lexoni metodën e plotë

Vetëm për anëtarët

Hyni me një llogari falas për ta lexuar këtë seksion.

Hyni

Harta e metodave

Lagjja e metodave të lidhura — zgjidhni një nyje për të eksploruar.

Sintetizim Transkriptomik De Novo

Analiza e skriningut CRI…Kërkim Profili HMMER Grupimi Metagenomik

Burimet

Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗

Si ta citoni këtë faqe

ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/sq/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly

Cila metodë?

Vendoseni këtë metodë pranë të afërmeve të saj më të ngushta dhe lexojini krah për krah — biblioteka i shtron librat mbi tryezë; zgjedhja është e juaja.