Сетевой вызов вариантов — генотипирование на основе графа генома
Сетевой (графовый) вызов вариантов заменяет традиционный единый линейный референсный геном на граф вариаций — сеть, в которой узлы представляют сегменты последовательности, а ребра — известные альтернативные пути через геном. Считывания отображаются на этот граф, что позволяет обнаруживать SNP, индели и структурные варианты со значительно меньшей референсной предвзятостью, чем в конвейерах с линейным референсом. Ключевые инструменты включают Variation Graph Toolkit (vg) и Graphtyper.
Читать метод полностью
Войдите с бесплатным аккаунтом, чтобы прочитать этот раздел.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Источники
- Garrison, E., Sirén, J., Novak, A. M., Hickey, G., Eizenga, J. M., Dawson, E. T., Jones, W., Garg, S., Markello, C., Lin, M. F., Paten, B., & Durbin, R. (2018). Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference. Nature Biotechnology, 36(9), 875–879. DOI: 10.1038/nbt.4227 ↗
- Eggertsson, H. P., Jonsson, H., Kristmundsdottir, S., Hjartarson, E., Kehr, B., Masson, G., Zink, F., Hjorleifsson, K. E., Jonasdottir, A., Jonasdottir, A., Jonsdottir, I., Gudbjartsson, D. F., Melsted, P., Stefansson, K., & Halldorsson, B. V. (2017). Graphtyper enables population-scale genotyping using pangenome graphs. Nature Genetics, 49(11), 1654–1660. DOI: 10.1038/ng.3964 ↗
Как цитировать эту страницу
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based (Graph-genome) Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/ru/bioinformatics/network-based-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Байесовский вызов вариантовБиоинформатика↔ compare
- Анализ вариаций числа копийБиоинформатика↔ compare
- Полногеномный поиск ассоциаций (GWAS)Биоинформатика↔ compare
- Анализ дифференциальной экспрессии РНК-сек (DE)Биоинформатика↔ compare
- Выравнивание последовательностейБиоинформатика↔ compare
- Вызов вариантовБиоинформатика↔ compare
Нашли ошибку на этой странице? Сообщите о ней или предложите исправление →