Asamblare de novo a transcriptomului
Asamblarea de novo a transcriptomului reconstruiește secvențe de ARN mesager complete direct din citiri de secvențiere, fără a necesita un genom de referință. Pionierat de Regev, Haas și colaboratori, acest flux de lucru permite descoperirea de transcripte la organisme non-model și detectarea de izoforme noi, gene de fuziune și variante de splicing.
Citește metoda completă
Autentifică-te cu un cont gratuit pentru a citi această secțiune.
Harta metodelor
Vecinătatea metodelor înrudite — selectați un nod pentru a explora.
Surse
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Cum se citează această pagină
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/ro/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Ce metodă?
Așezați această metodă lângă cele mai apropiate rude și citiți-le alăturat — biblioteca pune cărțile pe masă; alegerea vă aparține.
- Analiza ecranelor CRISPRBioinformatică↔ compară
- Căutare Profil HMMERBioinformatică↔ compară
- Binarea MetagenomicăBioinformatică↔ compară
Citat de
Ai observat o problemă pe această pagină? Raportează sau sugerează o corectură →