Encelle-fylogenetisk analyse — Rekonstruksjon av avstamningstrær med encelleoppløsning
Encelle-fylogenetisk analyse rekonstruerer evolusjonære eller utviklingsmessige trær fra encelle-sekvenseringsdata, og sporer hvordan individuelle celler divergerte fra en felles stamfar. Ved å utnytte somatiske mutasjoner, CRISPR-introduserte strekkoder, eller kopitallsvariasjoner som arvelige egenskaper, kartlegger denne metoden klonale forhold innenfor svulster, utviklende vev, eller immunrepertoarer med enestående cellulær oppløsning.
Les hele metoden
Logg inn med en gratis konto for å lese denne delen.
Metodekart
Nabolaget av beslektede metoder — velg en node for å utforske.
Kilder
- Jones, M. G., Khodaverdian, A., Quinn, J. J., Chan, M. M., Hussmann, J. A., Wang, R., Xu, C., Weissman, J. S., & Yosef, N. (2020). Inference of single-cell phylogenies from lineage tracing data using Cassiopeia. Genome Biology, 21(1), 92. DOI: 10.1186/s13059-020-02000-8 ↗
- Trapnell, C., Cacchiarelli, D., Grimsby, J., Pokharel, P., Li, S., Morse, M., Lennon, N. J., Livak, K. J., Mikkelsen, T. S., & Rinn, J. L. (2014). The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells. Nature Biotechnology, 32(4), 381-386. DOI: 10.1038/nbt.2859 ↗
Slik siterer du denne siden
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Phylogenetic and Lineage Tree Reconstruction. ScholarGate. https://scholargate.app/no/bioinformatics/single-cell-phylogenetic-analysis
Hvilken metode?
Sett denne metoden ved siden av sin nærmeste slektning og les dem side om side — biblioteket legger bøkene på bordet; valget er ditt.
- Analyse av kopiantallsvariasjonBioinformatikk↔ sammenlign
- Fylogenetisk analyseBioinformatikk↔ sammenlign
- Analyse av enkeltcelle-RNA-sekvensering (scRNA-seq)Bioinformatikk↔ sammenlign
- Variant CallingBioinformatikk↔ sammenlign
Funnet en feil på denne siden? Rapporter eller foreslå en rettelse →