Nettverksbasert berikelsesanalyse av signalveier
Nettverksbasert berikelsesanalyse av signalveier integrerer molekylære interaksjonsnettverk — protein-protein-interaksjoner, signaleringsgrafer eller genreguleringsnettverk — med omics-målinger for å identifisere biologiske signalveier som er koordinert endret under en gitt tilstand. I motsetning til klassiske overrepresentasjons- eller gen-sett-berikelsestilnærminger, som behandler gener i signalveier som uavhengige lister, propagerer denne metodefamilien signaler over nettverkskanter, og fanger opp topologien av interaksjoner og avdekker dysregulerte moduler som flatlistebasert berikelse ville gått glipp av.
Les hele metoden
Logg inn med en gratis konto for å lese denne delen.
Metodekart
Nabolaget av beslektede metoder — velg en node for å utforske.
Kilder
- Ideker, T., Ozier, O., Schwikowski, B., & Siegel, A. F. (2002). Discovering regulatory and signalling circuits in molecular interaction networks. Bioinformatics, 18(suppl_1), S233–S240. link ↗
- Vaske, C. J., Benz, S. C., Sanborn, J. Z., Earl, D., Szeto, C., Zhu, J., Haussler, D., & Stuart, J. M. (2010). Inference of patient-specific pathway activities from multi-dimensional cancer genomics data using PARADIGM. Bioinformatics, 26(12), i237–i245. DOI: 10.1093/bioinformatics/btq182 ↗
Slik siterer du denne siden
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based Pathway Enrichment Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/no/bioinformatics/network-based-pathway-enrichment-analysis
Hvilken metode?
Sett denne metoden ved siden av sin nærmeste slektning og les dem side om side — biblioteket legger bøkene på bordet; valget er ditt.
- Genesettanrikelsesanalyse (GSEA)Bioinformatikk↔ sammenlign
Referert av
Funnet en feil på denne siden? Rapporter eller foreslå en rettelse →