Netwerkgebaseerde analyse van enkele cel RNA-seq
Netwerkgebaseerde analyse van enkele cel RNA-seq breidt standaard scRNA-seq workflows uit door moleculaire interactienetwerken — genregulerende netwerken, co-expressienetwerken of cel-cel communicatiegrafieken — te construeren en te bevragen uit transcriptomische gegevens van enkele cellen. In plaats van elk gen onafhankelijk te behandelen, vangt deze benadering de gecoördineerde activiteit van gencircuits en intercellulaire signaalpaden binnen en tussen celpopulaties op, wat een systeemgericht beeld van transcriptionele regulatie op resolutie van enkele cellen mogelijk maakt.
Lees de volledige methode
Log in met een gratis account om dit onderdeel te lezen.
Methodenkaart
De omgeving van verwante methoden — selecteer een knooppunt om te verkennen.
Bronnen
- Aibar, S., González-Blas, C. B., Moerman, T., Huynh-Thu, V. A., Imrichova, H., Hulselmans, G., ... & Aerts, S. (2017). SCENIC: single-cell regulatory network inference and clustering. Nature Methods, 14(11), 1083–1086. link ↗
- Jin, S., Guerrero-Juarez, C. F., Zhang, L., Chang, I., Ramos, R., Kuan, C. H., ... & Nie, Q. (2021). Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat. Nature Communications, 12(1), 1088. link ↗
Deze pagina citeren
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based Single-Cell RNA Sequencing Analysis. ScholarGate. https://scholargate.app/nl/bioinformatics/network-based-single-cell-rna-seq-analysis
Welke methode?
Plaats deze methode naast haar naaste verwanten en lees ze naast elkaar — de bibliotheek legt de boeken op tafel; de keuze is aan u.
- Gen-setverrijkingsanalyse (GSEA)Bio-informatica↔ vergelijken
- Netwerkgebaseerde RNA-seq analyse van differentiële expressieBio-informatica↔ vergelijken
- Pathway-verrijkingsanalyseBio-informatica↔ vergelijken
- RNA-seq Differentiele ExpressieBio-informatica↔ vergelijken
- Single-cell eQTL AnalyseBio-informatica↔ vergelijken
- Single-cell RNA-seq AnalyseBio-informatica↔ vergelijken
Een fout op deze pagina gezien? Meld het of stel een correctie voor →