Pengasingan Metagenomik
Pengasingan metagenomik membahagikan kontig yang dipasang daripada komuniti mikrob kompleks kepada "bin" genom yang berbeza, setiap satu mewakili organisma atau strain individu. Dirintis oleh Banfield dan rakan sekerja, "pipeline" ini mengasingkan genom organisma tunggal (genom terpasang metagenom atau MAG) daripada sampel persekitaran tanpa memerlukan isolat yang dikultur.
Baca kaedah sepenuhnya
Log masuk dengan akaun percuma untuk membaca bahagian ini.
Peta kaedah
Kejiranan kaedah berkaitan — pilih satu nod untuk meneroka.
Sumber
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Cara memetik halaman ini
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/ms/bioinformatics/metagenomic-binning
Kaedah yang mana?
Letakkan kaedah ini di sebelah kaedah yang paling rapat dengannya dan baca secara bersebelahan — perpustakaan menyusun buku di atas meja; pilihan terletak pada anda.
- Analisis Saringan CRISPRBioinformatik↔ banding
- Pemasangan Transkriptom De NovoBioinformatik↔ banding
- Carian Profil HMMERBioinformatik↔ banding
Dirujuk oleh
Terjumpa masalah pada halaman ini? Laporkan atau cadangkan pembetulan →