Time-series gene set enrichment analysis
Time-series gene set enrichment analysis (TS-GSEA) extends the classical GSEA framework to detect biologically coordinated gene sets — pathways, gene ontology terms, or curated signatures — whose collective expression changes meaningfully over time. Rather than comparing two snapshots, it models the full temporal trajectory of gene expression to identify which functional programs are activated, suppressed, or dynamically remodelled during a biological process such as development, treatment response, or disease progression.
Avota reģistrs
Atsauces kopētas tieši no metodes avota reģistra. Tās nenozīmē nekādu apgalvojumu līmeņa verifikāciju.
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. · DOI 10.1073/pnas.0506580102
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. · DOI 10.1093/bioinformatics/btu333
Kurēti apgalvojumi
Apgalvojumi saglabāti pierādījumu reģistrā, katram ar savu novērtējumu.
Šis skatījums neizgudro apgalvojumu novērtējumu, ja reģistrā tā nav.
Saistītās metodes
Ģenerēts no metodes grafika un parādīts kā mašīnas ieteiktas attiecības — netiek izvirzīts neviens pierādījumu apgalvojums.