Vienšūnu variantu noteikšana — mutāciju noteikšana šūnu izšķirtspējā
Vienšūnu variantu noteikšana ir bioinformātikas pipeline, kas identificē DNS sekvences variantus — vienas bāzes variantus (SNV), nelielas ieliktnes un dzēsumus, kā arī kopiju skaita izmaiņas — atsevišķās šūnās, nevis visā audu maisījumā. Izšķirot mutācijas ainavu pa šūnām, tā atklāj intra-tumoru heterogenitāti, klonu arhitektūru un somatiskās mutācijas modeļus, ko slēpj kopējā sekvenču analīze. Šī pieeja ir centrāla vēža genomsikā, attīstības bioloģijā un jebkurā pētījumā, kurā galvenais jautājums ir ģenētiskā daudzveidība starp šūnām.
Lasīt pilno metodes aprakstu
Piesakieties ar bezmaksas kontu, lai lasītu šo sadaļu.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Avoti
- Zafar, H., Wang, Y., Nakhleh, L., Navin, N., & Chen, K. (2016). Monovar: single-nucleotide variant detection in single cells. Nature Methods, 13(6), 505–507. DOI: 10.1038/nmeth.3835 ↗
- Singer, J., Ruscheweyh, H. J., Doherr, M. G., Stadler, T., & Althaus, C. L. (2021). Single-nucleotide variant calling in single-cell sequencing data with piccolo. BMC Bioinformatics, 22(1), 333. link ↗
Kā citēt šo lapu
ScholarGate. (2026, June 3). Single-Cell Genomic Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/lv/bioinformatics/single-cell-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Kopiju skaita variāciju analīzeBioinformātika↔ compare
Uz to atsaucas
Pamanījāt kļūdu šajā lapā? Ziņojiet vai ierosiniet labojumu →