Vienšūnu filogenētiskā analīze — ciltskoku rekonstrukcija vienšūnu izšķirtspējā
Vienšūnu filogenētiskā analīze rekonstruē evolūcijas vai attīstības kokus no vienšūnu sekvenēšanas datiem, izsekojot, kā atsevišķas šūnas ir atdalījušās no kopīga senča. Izmantojot somatiskās mutācijas, CRISPR ieviestos svītrkodus vai kopiju skaita izmaiņas kā iedzimstamas pazīmes, šī metode kartē klonu attiecības audzējos, attīstības audos vai imūnsistēmas repertuāros ar nepieredzētu šūnu izšķirtspēju.
Lasīt pilno metodes aprakstu
Piesakieties ar bezmaksas kontu, lai lasītu šo sadaļu.
Metožu karte
Saistīto metožu apkaime — atlasiet mezglu, lai izpētītu.
Avoti
- Jones, M. G., Khodaverdian, A., Quinn, J. J., Chan, M. M., Hussmann, J. A., Wang, R., Xu, C., Weissman, J. S., & Yosef, N. (2020). Inference of single-cell phylogenies from lineage tracing data using Cassiopeia. Genome Biology, 21(1), 92. DOI: 10.1186/s13059-020-02000-8 ↗
- Trapnell, C., Cacchiarelli, D., Grimsby, J., Pokharel, P., Li, S., Morse, M., Lennon, N. J., Livak, K. J., Mikkelsen, T. S., & Rinn, J. L. (2014). The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells. Nature Biotechnology, 32(4), 381-386. DOI: 10.1038/nbt.2859 ↗
Kā citēt šo lapu
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Phylogenetic and Lineage Tree Reconstruction. ScholarGate. https://scholargate.app/lv/bioinformatics/single-cell-phylogenetic-analysis
Kura metode?
Novietojiet šo metodi blakus tās tuvākajām radniecīgajām metodēm un lasiet tās līdzās — bibliotēka noliek grāmatas uz galda; izvēle ir jūsu.
- Kopiju skaita variāciju analīzeBioinformātika↔ salīdzināt
- Filogenētiskā analīzeBioinformātika↔ salīdzināt
- Vienšūnas RNS sekvencēšanas analīzeBioinformātika↔ salīdzināt
- Variantu identificēšanaBioinformātika↔ salīdzināt
Pamanījāt kļūdu šajā lapā? Ziņojiet vai ierosiniet labojumu →