Dukungan dan Kepercayaan Pohon Filogenetik

Ukuran dukungan mengukur seberapa kuat data mendukung cabang-cabang individual dari pohon filogenetik yang diperkirakan, sehingga bagian-bagian filogeni yang kuat dan lemah dapat dibedakan.

Definition

Dukungan pohon filogenetik adalah estimasi kuantitatif kepercayaan pada klad atau cabang tertentu dari pohon filogenetik, yang berasal dari pengambilan sampel ulang data atau dari distribusi posterior pohon.

Scope

Topik ini mencakup dukungan berbasis pengambilan sampel ulang seperti bootstrap nonparametrik dan jackknife, dukungan peluruhan (Bremer) di bawah parsimoni, probabilitas posterior Bayesian, serta interpretasi dan bias yang diketahui dari ukuran-ukuran ini, termasuk makna dari nilai dukungan tertentu.

Core questions

• Bagaimana metode pengambilan sampel ulang mengestimasi kepercayaan pada suatu klad?
• Apa perbedaan antara nilai bootstrap dan probabilitas posterior Bayesian?
• Bagaimana seharusnya nilai dukungan tertentu diinterpretasikan?
• Bias apa saja yang memengaruhi ukuran dukungan?

Key theories

Bootstrap nonparametrik

Karakter diambil sampel ulang dengan penggantian untuk membangun kumpulan data pseudo-replika, dan frekuensi kemunculan kembali suatu klad di seluruh replika dilaporkan sebagai dukungan bootstrap-nya.

Interpretasi nilai bootstrap

Studi empiris dan simulasi menunjukkan bahwa proporsi bootstrap adalah estimasi konservatif keandalan dalam kondisi realistis, menginformasikan konvensi bahwa nilai tinggi menunjukkan klad yang didukung dengan baik.

Clinical relevance

Nilai dukungan memberi tahu peneliti hubungan inferensi mana yang cukup dapat dipercaya untuk ditindaklanjuti, sebuah perlindungan penting ketika filogeni memandu atribusi wabah, penelusuran sumber, atau keputusan konservasi.

History

Adaptasi bootstrap oleh Felsenstein pada tahun 1985 untuk filogeni memperkenalkan ukuran kepercayaan praktis yang menjadi hampir universal; uji empiris berikutnya dan munculnya probabilitas posterior Bayesian menyempurnakan cara sistematikus melaporkan dan menafsirkan dukungan cabang.

Debates

Bootstrap versus probabilitas posterior Bayesian

Probabilitas posterior Bayesian seringkali lebih tinggi daripada nilai bootstrap untuk data yang sama, dan ada diskusi berkelanjutan tentang mana yang lebih terkalibrasi dengan baik dan bagaimana masing-masing harus diinterpretasikan.

Key figures

• Joseph Felsenstein
• David Hillis
• James Bull

Seminal works

• felsenstein1985
• hillis1993
• felsenstein2004

Frequently asked questions

Apa arti nilai bootstrap 95 persen?

Ini berarti klad tersebut muncul dalam 95 persen analisis pseudo-replika yang diambil sampel ulang; nilai tinggi menunjukkan bahwa hasilnya kuat terhadap pengambilan sampel ulang karakter, meskipun bukan probabilitas statistik yang tepat.

Mengapa probabilitas posterior Bayesian berbeda dari nilai bootstrap?

Keduanya dihitung secara berbeda, dengan probabilitas posterior mencerminkan proporsi pohon yang diambil sampelnya yang mengandung suatu klad; untuk data yang sama, probabilitas ini seringkali lebih tinggi daripada dukungan bootstrap yang sesuai.