Kladistika dan Parsimoni

Parsimoni kladistik memilih pohon evolusi yang menjelaskan karakter-karakter yang teramati dengan perubahan paling sedikit, memperlakukan homoplasi sebagai biaya yang harus diminimalkan.

Definition

Parsimoni maksimum adalah kriteria optimalitas yang memilih pohon filogenetik yang meminimalkan jumlah total perubahan keadaan karakter yang diperlukan untuk menjelaskan data.

Scope

Topik ini mencakup kriteria optimalitas parsimoni, penghitungan perubahan keadaan karakter (panjang pohon), strategi pencarian untuk menemukan pohon terpendek, metode konsensus untuk meringkas beberapa pohon yang sama parsimoninya, serta asumsi dan kritik terhadap parsimoni sebagai dasar inferensi filogenetik.

Core questions

• Bagaimana panjang pohon di bawah parsimoni dihitung?
• Bagaimana pohon terpendek ditemukan ketika pencarian menyeluruh tidak mungkin dilakukan?
• Bagaimana beberapa pohon yang sama parsimoninya diringkas?
• Dalam kondisi apa parsimoni dapat menyesatkan?

Key theories

Prinsip perubahan minimum

Parsimoni lebih memilih pohon yang membutuhkan perubahan evolusi paling sedikit, dengan alasan bahwa hipotesis ad hoc homoplasi harus diminimalkan.

Daya tarik cabang panjang

Parsimoni dapat secara statistik tidak konsisten, mengelompokkan garis keturunan yang berevolusi cepat bersama karena perubahan konvergen daripada nenek moyang bersama, sebuah mode kegagalan yang dikenal sebagai daya tarik cabang panjang.

Clinical relevance

Pohon berbasis parsimoni tetap banyak digunakan untuk kumpulan data morfologi dan gabungan, termasuk analisis yang mengandung fosil, yang menginformasikan pemahaman kita tentang evolusi sifat yang relevan dengan biologi komparatif dan biomedis.

History

Parsimoni menjadi metode komputasi dominan di era kladistik, diimplementasikan dalam perangkat lunak yang banyak digunakan sejak tahun 1980-an; demonstrasi Felsenstein bahwa parsimoni dapat tidak konsisten di bawah laju yang tidak setara mendorong munculnya alternatif berbasis model.

Debates

Apakah parsimoni atau kemungkinan lebih disukai

Pendukung parsimoni menekankan asumsi minimal dan transparansinya, sementara kritikus menunjukkan inkonsistensi statistiknya di bawah laju heterogen dan lebih menyukai metode berbasis model secara eksplisit.

Key figures

• Willi Hennig
• Joseph Felsenstein
• James Farris

Seminal works

• hennig1966
• wiley2011
• felsenstein2004

Frequently asked questions

Mengapa meminimalkan jumlah perubahan evolusi?

Parsimoni memperlakukan setiap perubahan tambahan sebagai asumsi ad hoc homoplasi tambahan, sehingga pohon terpendek dianggap sebagai penjelasan data yang paling didukung.

Apa itu daya tarik cabang panjang?

Ini adalah artefak di mana dua garis keturunan yang tidak terkait dan berevolusi cepat dikelompokkan bersama karena kemiripan konvergen yang kebetulan disalahartikan sebagai nenek moyang bersama, sebuah kelemahan parsimoni yang diketahui.