Process / pipelineTranscriptomics

Assemblage de novo de transcriptomes

L'assemblage de novo de transcriptomes reconstitue des séquences complètes d'ARN messager directement à partir de lectures de séquençage, sans nécessiter de génome de référence. Initié par Regev, Haas et leurs collègues, ce pipeline permet la découverte de transcrits chez des organismes non modèles et la détection de nouvelles isoformes, de gènes de fusion et de variants d'épissage.

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Assemblage de novo de transcriptomes

Analyse d'écran CRISPR Recherche de profils HMM…Binning métagénomique

Sources

Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗

Comment citer cette page

ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/fr/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly

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