Metagenoomne binning
Metagenoomne binning jaotab komplekssete mikroobikoosluste monteeritud katkendid (contigs) eraldi genoomibinnideks, millest igaüks esindab üksikut organismi või tüve. Banfieldi ja kolleegide poolt algatatud torujuhe eraldab keskkonnaproovidest üksikorganismide genoomid (metagenoomist monteeritud genoomid ehk MAG-id) ilma kultiveeritud isolaatideta.
Loe meetodi täielikku kirjeldust
Selle osa lugemiseks logi sisse tasuta kontoga.
Meetodikaart
Seotud meetodite ümbruskond — vali sõlm, et seda uurida.
Allikad
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Kuidas sellele lehele viidata
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/et/bioinformatics/metagenomic-binning
Milline meetod?
Aseta see meetod oma lähimate sugulaste kõrvale ja loe neid kõrvuti — raamatukogu laob raamatud lauale; valik on sinu.
- CRISPR-i sõelanalüüsBioinformaatika↔ võrdle
- De novo transkriptoomi kokkupanekBioinformaatika↔ võrdle
- HMMER profiili otsingBioinformaatika↔ võrdle
Sellele viitavad
Similar methods
Märkasid sellel lehel viga? Teata sellest või paku parandust →