De novo transkriptoomi kokkupanek
De novo transkriptoomi kokkupanek rekonstrueerib täispikad informatsiooni-RNA järjestused otse sekveneerimisandmetest, ilma et oleks vaja referentsgenoomi. Regevi, Haasi ja kolleegide poolt teerajatud meetod võimaldab transkriptide avastamist mittemudelorganismides ning uute isovormide, fusioonigeenide ja splaissvariantide tuvastamist.
Loe meetodi täielikku kirjeldust
Selle osa lugemiseks logi sisse tasuta kontoga.
Meetodikaart
Seotud meetodite ümbruskond — vali sõlm, et seda uurida.
Allikad
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Kuidas sellele lehele viidata
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/et/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Milline meetod?
Aseta see meetod oma lähimate sugulaste kõrvale ja loe neid kõrvuti — raamatukogu laob raamatud lauale; valik on sinu.
- CRISPR-i sõelanalüüsBioinformaatika↔ võrdle
- HMMER profiili otsingBioinformaatika↔ võrdle
- Metagenoomne binningBioinformaatika↔ võrdle
Sellele viitavad
Märkasid sellel lehel viga? Teata sellest või paku parandust →