HMMER profiili otsing
HMMER profiiliotsing tuvastab kaugemad valguse homoloogid, kasutades valguperede tõenäosuslikke mudeleid, mida tuntakse profiil-peidetud Markovi mudelitena (HMM). Eddy ja kolleegide poolt välja töötatud meetod haarab kinni valguperekondade sees esinevad järjestuse varieeruvuse mustrid ja tuvastab homoloogid palju suurema tundlikkusega kui positsioonikaalude maatriksid või paariviisilised joondused.
Loe meetodi täielikku kirjeldust
Selle osa lugemiseks logi sisse tasuta kontoga.
Meetodikaart
Seotud meetodite ümbruskond — vali sõlm, et seda uurida.
Allikad
- Krogh, A., Brown, M., Mian, I. S., Sjölander, K., & Haussler, D. (1994). Hidden Markov models in computational biology: applications to protein modeling. Journal of Molecular Biology, 235(5), 1501-1531. DOI: 10.1006/jmbi.1994.1104 ↗
- Eddy, S. R. (1998). Profile hidden Markov models. Bioinformatics, 14(9), 755-763. DOI: 10.1093/bioinformatics/14.9.755 ↗
- Finn, R. D., Clements, J., & Eddy, S. R. (2011). HMMER web server: interactive sequence similarity searching. Nucleic Acids Research, 39(Web Server issue), W29-W37. DOI: 10.1093/nar/gkr367 ↗
Kuidas sellele lehele viidata
ScholarGate. (2026, June 3). Hidden Markov Model Profile Search for Sequence Homology. ScholarGate. https://scholargate.app/et/bioinformatics/hmmer-profile-search
Milline meetod?
Aseta see meetod oma lähimate sugulaste kõrvale ja loe neid kõrvuti — raamatukogu laob raamatud lauale; valik on sinu.
- Krüoelektronmikroskoopia (krüo-EM)Bioinformaatika↔ võrdle
- Metagenoomne binningBioinformaatika↔ võrdle
- Molekulaarne dokkimineBioinformaatika↔ võrdle
Sellele viitavad
Märkasid sellel lehel viga? Teata sellest või paku parandust →