Συναρμολόγηση μεταγραφομικών δεδομένων de novo
Η συναρμολόγηση μεταγραφομικών δεδομένων de novo ανασυνθέτει αλληλουχίες αγγελιαφόρου RNA πλήρους μήκους απευθείας από αναγνώσεις αλληλούχισης χωρίς να απαιτείται γονιδίωμα αναφοράς. Αυτός ο αγωγός, που πρωτοπορήθηκε από τους Regev, Haas και συνεργάτες, επιτρέπει την ανακάλυψη μεταγράφων σε μη-πρότυπους οργανισμούς και την ανίχνευση νέων ισομορφών, συντηγμένων γονιδίων και παραλλαγμάτων συρραφής.
Διαβάστε ολόκληρη τη μέθοδο
Συνδεθείτε με δωρεάν λογαριασμό για να διαβάσετε αυτή την ενότητα.
Χάρτης μεθόδων
Η γειτονιά των σχετιζόμενων μεθόδων — επιλέξτε έναν κόμβο για εξερεύνηση.
Πηγές
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Πώς να παραπέμψετε σε αυτή τη σελίδα
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/el/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Ποια μέθοδος;
Τοποθετήστε αυτή τη μέθοδο δίπλα στις πιο συγγενείς της και διαβάστε τις παράλληλα — η βιβλιοθήκη απλώνει τα βιβλία στο τραπέζι· η επιλογή είναι δική σας.
- Ανάλυση CRISPR ScreenΒιοπληροφορική↔ σύγκριση
- Αναζήτηση Προφίλ HMMERΒιοπληροφορική↔ σύγκριση
- Μεταγονιδιωματική ομαδοποίηση (Metagenomic Binning)Βιοπληροφορική↔ σύγκριση
Αναφέρεται από
Εντοπίσατε πρόβλημα σε αυτή τη σελίδα; Αναφέρετέ το ή προτείνετε διόρθωση →