Zeitreihen-ChIP-seq-Peak-Calling – Temporale Chromatin-Profilierung
Das Zeitreihen-ChIP-seq-Peak-Calling erweitert die Standardanalyse des Chromatin-Immunpräzipitations-Sequenzierens auf Proben, die zu mehreren Zeitpunkten entnommen wurden. Durch die Identifizierung und den Vergleich von Protein-DNA-Bindungspeaks über eine temporale Dimension hinweg zeigt die Methode, wie sich die Besetzung von Transkriptionsfaktoren, Histonmodifikationen oder die Bindung von Chromatin-Remodelern während biologischer Prozesse wie Differenzierung, zirkadianen Zyklen oder Stimulusantworten entwickeln.
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Quellen
- Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., ... & Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. DOI: 10.1101/gr.136184.111 ↗
- Haiminen, N., Karlebach, G., Kharchenko, P. V., & Lähdesmäki, H. (2018). TimeChIP: time-series peak calling for ChIP-seq data. Bioinformatics, 34(24), 4161–4167. link ↗
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ScholarGate. (2026, June 3). Time-series Chromatin Immunoprecipitation Sequencing Peak Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/de/bioinformatics/time-series-chip-seq-peak-calling
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