استدعاء المتغيرات المستند إلى الشبكة — تحديد النمط الجينومي للجينوم البياني
يستبدل استدعاء المتغيرات المستند إلى الشبكة (الجينوم البياني) الجينوم المرجعي الخطي التقليدي ببيان تباين — شبكة تمثل فيها العقد أجزاء التسلسل والحواف تمثل مسارات بديلة معروفة عبر الجينوم. تتم محاذاة القراءات على هذا البيان، مما يتيح اكتشاف متغيرات النوكليوتيدات المفردة (SNPs) والإدخالات والحذف (indels) والمتغيرات الهيكلية مع تحيز مرجعي أقل بكثير من خطوط أنابيب المرجع الخطي. تشمل الأدوات الرئيسية مجموعة أدوات الجينوم البياني (vg) و Graphtyper.
اقرأ الطريقة كاملة
سجّل الدخول بحساب مجاني لقراءة هذا القسم.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
المصادر
- Garrison, E., Sirén, J., Novak, A. M., Hickey, G., Eizenga, J. M., Dawson, E. T., Jones, W., Garg, S., Markello, C., Lin, M. F., Paten, B., & Durbin, R. (2018). Variation graph toolkit improves read mapping by representing genetic variation in the reference. Nature Biotechnology, 36(9), 875–879. DOI: 10.1038/nbt.4227 ↗
- Eggertsson, H. P., Jonsson, H., Kristmundsdottir, S., Hjartarson, E., Kehr, B., Masson, G., Zink, F., Hjorleifsson, K. E., Jonasdottir, A., Jonasdottir, A., Jonsdottir, I., Gudbjartsson, D. F., Melsted, P., Stefansson, K., & Halldorsson, B. V. (2017). Graphtyper enables population-scale genotyping using pangenome graphs. Nature Genetics, 49(11), 1654–1660. DOI: 10.1038/ng.3964 ↗
كيف تستشهد بهذه الصفحة
ScholarGate. (2026, June 3). Network-based (Graph-genome) Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/ar/bioinformatics/network-based-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- استدعاء المتغيرات البايزيالمعلوماتية الحيوية↔ compare
- تحليل تغاير عدد النسخالمعلوماتية الحيوية↔ compare
- دراسة الارتباط على مستوى الجينوم (GWAS)المعلوماتية الحيوية↔ compare
- تحليل التعبير التفاضلي لتسلسل الحمض النووي الريبوزي (RNA-seq DE)المعلوماتية الحيوية↔ compare
- محاذاة التسلسلاتالمعلوماتية الحيوية↔ compare
- استدعاء المتغيراتالمعلوماتية الحيوية↔ compare