Вирівнювання одноклітинних послідовностей — Картування зчитувань scRNA-seq
Вирівнювання одноклітинних послідовностей — це обчислювальний крок, який зіставляє мільйони коротких послідовностей зчитувань, отриманих під час експериментів з одноклітинної РНК-секвенування, з референсним геномом або транскриптомом. На відміну від вирівнювання РНК-секвенування зразків, кожне зчитування містить баркод клітини та унікальний молекулярний ідентифікатор (UMI), які разом ідентифікують клітину-джерело та окрему молекулу РНК. Точне вирівнювання та демультиплексування баркодів є передумовою для побудови матриці підрахунків клітина-ген, яка керує всіма подальшими одноклітинними аналізами.
Читати метод повністю
Увійдіть із безкоштовним обліковим записом, щоб прочитати цей розділ.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Джерела
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
Як цитувати цю сторінку
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/uk/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
Compare side by side →Згадується в
Помітили помилку на цій сторінці? Повідомте про неї або запропонуйте виправлення →