Одноклітинний філогенетичний аналіз — реконструкція філогенетичного дерева з роздільною здатністю на рівні окремих клітин
Одноклітинний філогенетичний аналіз реконструює еволюційні або онтогенетичні дерева на основі даних одноклітинного секвенування, відстежуючи, як окремі клітини дивергували від спільного предка. Використовуючи соматичні мутації, введені за допомогою CRISPR баркоди або зміни числа копій як успадковані ознаки, цей метод відображає клональні взаємозв'язки в пухлинах, тканинах, що розвиваються, або імунних репертуарах з безпрецедентною клітинною роздільною здатністю.
Читати метод повністю
Увійдіть із безкоштовним обліковим записом, щоб прочитати цей розділ.
Карта методів
Околиця споріднених методів — виберіть вузол, щоб дослідити.
Джерела
- Jones, M. G., Khodaverdian, A., Quinn, J. J., Chan, M. M., Hussmann, J. A., Wang, R., Xu, C., Weissman, J. S., & Yosef, N. (2020). Inference of single-cell phylogenies from lineage tracing data using Cassiopeia. Genome Biology, 21(1), 92. DOI: 10.1186/s13059-020-02000-8 ↗
- Trapnell, C., Cacchiarelli, D., Grimsby, J., Pokharel, P., Li, S., Morse, M., Lennon, N. J., Livak, K. J., Mikkelsen, T. S., & Rinn, J. L. (2014). The dynamics and regulators of cell fate decisions are revealed by pseudotemporal ordering of single cells. Nature Biotechnology, 32(4), 381-386. DOI: 10.1038/nbt.2859 ↗
Як цитувати цю сторінку
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell Phylogenetic and Lineage Tree Reconstruction. ScholarGate. https://scholargate.app/uk/bioinformatics/single-cell-phylogenetic-analysis
Який метод?
Поставте цей метод поруч із його найближчими спорідненими й читайте їх пліч-о-пліч — бібліотека викладає книги на стіл; вибір за вами.
- Аналіз варіацій кількості копійБіоінформатика↔ порівняти
- Філогенетичний аналізБіоінформатика↔ порівняти
- Аналіз одноклітинної РНК-секвенціїБіоінформатика↔ порівняти
- Виявлення варіантівБіоінформатика↔ порівняти
Помітили помилку на цій сторінці? Повідомте про неї або запропонуйте виправлення →