Filogenetik Sistematik
Filogenetik sistematik, organizmalar arasındaki soy ilişkilerini yeniden inşa eder ve bu ilişkileri sınıflandırma için temel olarak kullanır.
Tanım
Filogenetik sistematik, dallanan ağaçlar şeklinde temsil edilen evrimsel ilişkilerin, ortak türemiş karakterlerin dağılımından yola çıkarak çıkarılması ve bu ağaçların monofiletik taksonları tanımak için kullanılmasıyla gerçekleştirilir.
Kapsam
Bu alan, karakter verilerinden evrimsel ağaçların çıkarılmasına yönelik kuram ve yöntemleri kapsamaktadır: sinapomorfiye göre gruplamanın kladistik mantığı, filogenetik ağaçların yapısı ve okunması, karakter polaritesinin ve köklendirmenin belirlenmesi ve verilerin her bir dalı ne kadar güçlü desteklediğinin değerlendirilmesi. Bu, karakter analizini sınıflandırmaya bağlayan metodolojik çekirdeği oluşturmaktadır.
Alt konular
Temel sorular
- Evrimsel ağaçlar karakter verilerinden nasıl çıkarılmaktadır?
- Taksonları ortak türemiş karakterlere göre gruplamayı hangi mantık haklı çıkarmaktadır?
- Karakter değişiminin yönü (polarite) nasıl belirlenmektedir?
- Bir ağacın belirli bir dalına ne kadar güvenilebilmektedir?
Temel kuramlar
- Sinapomorfiye dayalı gruplama
- Hennig'in merkezi ilkesi, yalnızca ortak türemiş karakter durumlarının (sinapomorfiler) ortak atadan gelme kanıtı sağladığı ve dolayısıyla monofiletik grupları gösterdiğidir.
- Bir optimallik kriteri olarak parsimoni
- Kladistik analiz genellikle en az karakter-durumu değişimi gerektiren ağacı tercih eder; homoplaziyi, rakip ağaçlar arasından seçim yaparken en aza indirilmesi gereken bir maliyet olarak ele alır.
- Ağaçların istatistiksel değerlendirmesi
- Bootstrap gibi yeniden örnekleme yöntemleri, verilerin bireysel kladları ne kadar sağlam bir şekilde desteklediğini nicel olarak belirler ve ağaç tahminindeki belirsizliği ele alır.
Klinik önem
Filogenetik yeniden yapılandırma, patojenlerin kökenini ve yayılımını izler, soy ayrışmalarını tarihlendirir, faydalı veya zararlı türlerin en yakın akrabalarını belirler ve evrimsel tıp ile karşılaştırmalı genomik çalışmalarına temel oluşturur.
Tarihçe
Hennig'in yirminci yüzyıl ortalarında sinapomorfiye göre gruplamayı formüle etmesi, kladistik devrimi başlatmıştır; sonraki on yıllar, açık optimallik kriterleri, hesaplamalı ağaç arama ve bootstrap gibi istatistiksel destek ölçütlerini ekleyerek, sistematiği nicel, tekrarlanabilir bir disipline dönüştürmüştür.
Tartışmalar
- Parsimoniye karşı modele dayalı çıkarım
- Kladistler tarihsel olarak parsimoniyi varsayımsız olarak tercih ederken, istatistiksel filogenetikçiler karakter değişiminin açık modellerinin daha doğru ağaçlar ürettiğini savunmuşlardır; bu gerilim metodolojik gelişimi şekillendirmiştir.
Öne çıkan isimler
- Willi Hennig
- Joseph Felsenstein
- E. O. Wiley
İlgili konular
Temel eserler
- hennig1966
- wiley2011
- felsenstein2004
- felsenstein1985
Sıkça sorulan sorular
- Kladistik, filogenetik sistematik ile aynı mıdır?
- Kladistik, filogenetik sistematiğin temel yöntemi ve gruplama mantığıdır; terimler genellikle birbirinin yerine kullanılsa da, filogenetik sistematik aynı zamanda ortaya çıkan sınıflandırmayı da kapsar.
- Sinapomorfi nedir?
- Sinapomorfi, iki veya daha fazla takson tarafından ortak bir atadan miras alındığı için paylaşılan türemiş bir karakter durumudur ve onları bir araya gruplamak için kanıt sağlar.