Kladistik ve Parsimoni
Kladistik parsimoni, gözlemlenen karakterleri en az değişiklikle açıklayan evrimsel ağacı seçer ve homoplaziyi minimize edilmesi gereken bir maliyet olarak ele alır.
Tanım
Maksimum parsimoni, veriyi açıklamak için gereken toplam karakter-durum değişikliği sayısını minimize eden filogenetik ağacı seçen bir optimallik kriteridir.
Kapsam
Bu konu, parsimoni optimallik kriterini, karakter-durum değişikliklerinin sayılmasını (ağaç uzunluğu), en kısa ağaçları bulmaya yönelik arama stratejilerini, birden fazla eşit derecede parsimonili ağacı özetlemek için kullanılan konsensüs yöntemlerini ve filogenetik çıkarım için bir temel olarak parsimoninin varsayımlarını ve eleştirilerini kapsamaktadır.
Temel sorular
- Parsimoni altında bir ağacın uzunluğu nasıl hesaplanır?
- Kapsamlı arama imkansız olduğunda en kısa ağaçlar nasıl bulunur?
- Birden fazla eşit derecede parsimonili ağaç nasıl özetlenir?
- Parsimoni hangi koşullar altında yanıltılabilir?
Temel kuramlar
- Minimum Değişim Prensibi
- Parsimoni, en az evrimsel değişikliği gerektiren ağacı tercih eder; bunun gerekçesi, homoplazinin ad hoc hipotezlerinin minimize edilmesi gerektiğidir.
- Uzun Dal Çekimi (Long-branch attraction)
- Parsimoni istatistiksel olarak tutarsız olabilir; hızlı evrimleşen soyları, ortak atadan ziyade yakınsak değişim nedeniyle bir araya getirebilir; bu hata modu uzun dal çekimi olarak bilinmektedir.
Klinik önem
Parsimoni tabanlı ağaçlar, karşılaştırmalı biyoloji ve biyotıp ile ilgili özellik evrimine dair anlayışımızı bilgilendiren, fosil içeren analizler de dahil olmak üzere morfolojik ve birleşik veri kümeleri için yaygın olarak kullanılmaya devam etmektedir.
Tarihçe
Parsimoni, kladistik dönemin baskın hesaplama yöntemi haline gelmiş ve 1980'lerden itibaren yaygın olarak kullanılan yazılımlarda uygulanmıştır; Felsenstein'ın parsimoninin eşit olmayan oranlar altında tutarsız olabileceğini göstermesi, model tabanlı alternatiflerin yükselişini tetiklemiştir.
Tartışmalar
- Parsimoninin mi yoksa olabilirlik yönteminin mi tercih edilebilir olduğu
- Parsimoni savunucuları, onun minimal varsayımlarını ve şeffaflığını vurgularken, eleştirenler heterojen oranlar altında istatistiksel tutarsızlığına işaret etmekte ve açıkça model tabanlı yöntemleri tercih etmektedirler.
Öne çıkan isimler
- Willi Hennig
- Joseph Felsenstein
- James Farris
İlgili konular
Temel eserler
- hennig1966
- wiley2011
- felsenstein2004
Sıkça sorulan sorular
- Evrimsel değişikliklerin sayısı neden minimize edilir?
- Parsimoni, her ek değişikliği homoplazinin ek bir ad hoc varsayımı olarak ele alır; bu nedenle en kısa ağaç, verinin en iyi desteklenen açıklaması olarak kabul edilir.
- Uzun dal çekimi nedir?
- Bu, iki ilişkisiz, hızlı evrimleşen soyun, tesadüfi yakınsak benzerliklerin ortak ata olarak yanlış anlaşılması nedeniyle bir araya getirildiği bir artefakttır; bu, parsimoninin bilinen bir zayıflığıdır.