Tajima'nın D Testi (Seçilim Sürüklenmesi)
Selective Sweep Detection using Tajima's D Statistic · Ayrıca şöyle bilinir: Tajima's D test, Selective sweep analysis, Neutrality test
Tajima'nın D testi, DNA dizilerindeki genetik varyasyon örüntülerinden seçilim sürüklenmelerini (avantajlı mutasyonların yakın zamanda hızla sabitlenmesi) tespit etmek için tasarlanmış istatistiksel bir testtir. Fumio Tajima tarafından 1989'da geliştirilen bu test, DNA dizisi çeşitliliğinin farklı ölçümlerini karşılaştırarak nötrallikten sapmaları ölçer. Anlamlı bir Tajima'nın D değeri, nötr evrimden sapmayı gösterir ve pozitif seçilim, popülasyon yapısı veya demografik olayları düşündürür.
Tam yöntemi oku
Bu bölümü okumak için ücretsiz hesapla giriş yapın.
Yöntem haritası
İlişkili yöntemlerin komşuluğu — keşfetmek için bir düğüm seçin.
Ne zaman kullanılır
Bir genomik bölgenin yakın zamanda seçilim veya demografik olay kanıtları gösterip göstermediğini araştırırken Tajima'nın D'sini kullanın. Orta büyüklükteki popülasyonlarda yakın zamanda meydana gelen sert seçilim sürüklenmelerini tespit etmede en güçlüdür. Demografik geçmişin karmaşık veya bilinmediği durumlarda, popülasyon genişlemesi veya alt bölümlemesi seçilimi taklit eden D değerleri üretebileceğinden, uygulanmasından kaçının. Özellikle daha derin filogenetik veya popülasyon yapısı analizinden önce bir tarama testi olarak kullanışlıdır.
Güçlü yönler & sınırlılıklar
- Yalnızca dizi hizalama verisi gerektiren basit hesaplama
- Seçilim modeli veya uygunluk alanı belirtilmesini gerektirmez
- Hesaplama açısından verimli ve popülasyon genetiği yazılımlarında yaygın olarak uygulanmıştır
- Yakın seçilim sürüklenmelerine ve demografik olaylara duyarlıdır
- Nötrallikten sapmanın sezgisel yorumunu sağlar
- Pozitif seçilim ile benzer D izleri üreten popülasyon genişlemesi arasında ayrım yapamaz
- Küçük örneklem boyutları veya kısa genomik bölgelerle sınırlı güç
- Seçilim sürüklenmesi karakteristik izini dağıtan rekombinasyona duyarlıdır
- Tek, iyi karışmış bir popülasyon varsayar; popülasyon yapısı yanlış pozitif oranlarını şişirir
- Seçilimin hedefini veya seçici avantajın mekanizmasını belirlemez
SSS
Negatif bir Tajima'nın D değeri neyi gösterir?
Negatif D, orta frekanslı varyantlara kıyasla nadir alellerin fazlalığını gösterir. Bu, hem yakın zamanda pozitif seçilim (bir sürüklenme) hem de yakın zamanda popülasyon genişlemesi ile tutarlıdır, her ikisi de nadir, yeni ortaya çıkan mutasyonların oranını artırır.
Tajima'nın D testi seçilim ile demografik değişimi ayırt edebilir mi?
Kesin olarak değil. Hem yakın zamanda seçilim hem de popülasyon genişlemesi negatif D değerleri üretir. Bunları ayırt etmek ek testler (örn. Fu'nun Fs testi) veya demografik modelleme gerektirir. Birlikte uygulanan birden fazla nötrallik testi daha güçlü çıkarım sağlar.
Güvenilir bir Tajima'nın D testi için kaç dizi gereklidir?
Yeterli istatistiksel güç için minimum 20-30 dizi önerilir. Daha küçük örneklem boyutları gücü önemli ölçüde azaltır. Testin gücü ayrıca genomik bölgenin uzunluğuna ve seçilimin yoğunluğuna da bağlıdır.
Rekombinasyon Tajima'nın D'sinin yorumunu etkiler mi?
Evet. Rekombinasyon bağlantıyı bozar ve zamanla seçilim sürüklenmesi imzasını azaltır. Güçlü yakın zamanda seçilim altında olan bir bölge, sürüklenme meydana geldikten sonra rekombinasyon alelleri karıştırmışsa azalmış sinyal gösterebilir.
Kaynaklar
- Tajima, F. (1989). Statistical method for testing the neutral mutation hypothesis by DNA polymorphism. Genetics, 123(3), 585–595. DOI: 10.1093/genetics/123.3.585 ↗
- Braverman, J. M., Hudson, R. R., Kaplan, N. L., Langley, C. H., & Stephan, W. (1995). The hitchhiking effect on the site frequency spectrum of DNA polymorphisms. Genetics, 140(2), 783–796. DOI: 10.1093/genetics/140.2.783 ↗
- Fay, J. C., & Wu, C. I. (2000). Hitchhiking under positive Darwinian selection. Genetics, 155(3), 1405–1413. DOI: 10.1093/genetics/155.3.1405 ↗
Bu sayfayı kaynak gösterin
ScholarGate. (2026, June 3). Selective Sweep Detection using Tajima's D Statistic. ScholarGate. https://scholargate.app/tr/genetics/selection-sweep
Hangi yöntem?
Bu yöntemi en yakın akrabalarının yanına koyup yan yana okuyun — kütüphane kitapları masaya serer; seçim sizindir.
- Koalesan TeorisiGenetik↔ karşılaştır
- F-istatistikleri (FST)Genetik↔ karşılaştır
- HKA TestiGenetik↔ karşılaştır
- McDonald-Kreitman TestiGenetik↔ karşılaştır