McDonald-Kreitman Testi
McDonald-Kreitman Test for Detecting Adaptive Evolution · Ayrıca şöyle bilinir: MK test, Positive selection test
McDonald-Kreitman (MK) testi, türler içinde ve türler arasında eşanlamlı ve eşanlamlı olmayan ikame oranlarını karşılaştırarak adaptif evrimi tespit etmek için kullanılan istatistiksel bir yöntemdir. James McDonald ve Martin Kreitman tarafından 1991 yılında geliştirilen bu test, nötr mutasyonların türler içinde ve arasında benzer oranlarda biriktiği, ancak adaptif (eşanlamlı olmayan) ikamelerin pozitif seçilimle sabitlendiği takdirde türler arasında zenginleşeceği temel içgörüsünden yararlanır. MK testi, doğal seçilim altındaki genleri belirlemek için moleküler evrimsel biyolojide standart bir araç haline gelmiştir.
Tam yöntemi oku
Bu bölümü okumak için ücretsiz hesapla giriş yapın.
Yöntem haritası
İlişkili yöntemlerin komşuluğu — keşfetmek için bir düğüm seçin.
Ne zaman kullanılır
İki türden dizi verisine ve en az bir türden polimorfizm verisine sahip olduğunuzda ve bir genin pozitif seçilimden geçip geçmediğini test etmek istediğinizde MK testini kullanın. Özellikle popülasyon verilerinin mevcut olduğu organizmalarda protein kodlayan genler için etkilidir. MK testi, mutasyon oranlarının türler arasında benzer olduğu ve türlerin çok uzaklaşmadığı durumlarda en iyi şekilde çalışır. Kodon kullanımı veya diğer nötr olmayan kuvvetler nedeniyle eşanlamlı ikame oranlarının yükseldiği durumlarda testten kaçının.
Güçlü yönler & sınırlılıklar
- Temel dizi hizalaması gerektiren, gerçekleştirilmesi ve yorumlanması basittir
- Belirli bir seçilim modeli veya uygunluk alanı varsaymaz
- Mutasyon oranlarını hesaba katarak sabit farklılıkları ve polimorfizmleri karşılaştırır
- Mütevazı etki büyüklüklerinde bile pozitif seçilimi tespit edebilir
- Adaptif ikamelerin oranına ilişkin bir tahmin sağlar
- Türler arasında ve eşanlamlı bölgelerde benzer mutasyon oranları varsayar, bu ihlal edilebilir
- Düşük eşanlamlı ikame oranlarında (az sayıda bağımsız olay) sınırlı güç
- Gen içindeki seçilim hedefini belirleyemez
- Polimorfizm oranlarını etkileyen demografik geçmişe ve popülasyon yapısına duyarlıdır
- Kodon kullanım yanlılığı ve diğer seçilim dışı kuvvetler eşanlamlı olmayan ikame oranlarını şişirebilir
SSS
Dn/Ds > Pn/Ps ise ne anlama gelir?
Bu örüntü, eşanlamlı olmayan ikamelerin polimorfizmlere kıyasla sabit farklılıklarda aşırı temsil edildiğini düşündürmektedir. Bu, pozitif seçilimin avantajlı eşanlamlı olmayan mutasyonları sabitlediği ile tutarlıdır. Tersine, Dn/Ds < Pn/Ps ise, eşanlamlı olmayan değişiklikleri ortadan kaldıran arındırıcı seçilimi düşündürür.
Neden eşanlamlı bölgelerin nötr olduğu varsayılır?
Eşanlamlı değişiklikler amino asit dizilerini değiştirmez, bu nedenle geleneksel olarak seçilimden görünmez kabul edilirler. Ancak, eşanlamlı bölgeler mRNA stabilitesini, translasyon verimliliğini ve kodon kullanımını etkileyebilir, bu da zayıf seçilime maruz kalabilecekleri anlamına gelir. Bu varsayım kontrol edilmelidir.
MK testi zayıf pozitif seçilimi tespit edebilir mi?
Evet, örneklem boyutları büyükse. Test oranları karşılaştırır, bu nedenle eşanlamlı olmayan ikamelerin mütevazı bir zenginleşmesi bile çok sayıda bölge ile anlamlı olabilir. Ancak, güç etki büyüklükleri azaldıkça azalır ve çok zayıf seçilim tespit edilemeyebilir.
Kodonlar örtüştüğünde veya eksik bilgiye sahip olduğunda eşanlamlı ve eşanlamlı olmayan bölgeler nasıl sayılır?
Standart yaklaşımlar, kodon pozisyonlarına göre potansiyel eşanlamlı ve eşanlamlı olmayan bölgeleri sayar. Örneğin, üçüncü kodon pozisyonları genellikle sessizdir (eşanlamlı), birinci ve ikinci pozisyonlar ise tipik olarak eşanlamlı olmayanlardır. Detaylı sayım, wobble baz eşleşmesini ve dejeneratif kodon desenlerini hesaba katar.
Kaynaklar
- McDonald, J. H., & Kreitman, M. (1991). Adaptive protein evolution at the Adh locus in Drosophila. Nature, 351(6328), 652–654. DOI: 10.1038/351652a0 ↗
- Smith, N. G., & Eyre-Walker, A. (2002). Estimating the proportion of sites subject to positive selection across a large dataset. Genetics, 160(3), 1079–1086. link ↗
- Charlesworth, B. (2010). The rate of adaptive evolution. Trends in Ecology & Evolution, 11(1), 22–26. link ↗
Bu sayfayı kaynak gösterin
ScholarGate. (2026, June 3). McDonald-Kreitman Test for Detecting Adaptive Evolution. ScholarGate. https://scholargate.app/tr/genetics/mcdonald-kreitman-test
Hangi yöntem?
Bu yöntemi en yakın akrabalarının yanına koyup yan yana okuyun — kütüphane kitapları masaya serer; seçim sizindir.
- Koalesan TeorisiGenetik↔ karşılaştır
- F-istatistikleri (FST)Genetik↔ karşılaştır
- HKA TestiGenetik↔ karşılaştır
- Tajima'nın D Testi (Seçilim Sürüklenmesi)Genetik↔ karşılaştır