HKA Testi
Hudson-Kreitman-Aguade Test for Detecting Selection · Ayrıca şöyle bilinir: HKA test, Polymorphism divergence test
Hudson-Kreitman-Aguade (HKA) testi, popülasyon içi polimorfizm ve popülasyonlar arası ayrışma düzeylerini çok sayıda lokusta karşılaştırarak nötr evrimi test eden istatistiksel bir yöntemdir. Hudson, Kreitman ve Aguade tarafından 1987'de geliştirilen bu test, nötr lokusların polimorfizm ve ayrışma arasındaki beklenen ilişkileri göstermesi prensibini kullanır. Bu ilişkilerden sapan lokuslar seçilim adaylarıdır. HKA testi, harici bir kalibrasyon gerektirmeksizin lokuslar arası göreceli karşılaştırmalar kullandığı için genom çapındaki taramalarda seçilimi tespit etmede özellikle kullanışlıdır.
Tam yöntemi oku
Bu bölümü okumak için ücretsiz hesapla giriş yapın.
Yöntem haritası
İlişkili yöntemlerin komşuluğu — keşfetmek için bir düğüm seçin.
Ne zaman kullanılır
İki tür veya popülasyon arasındaki çok sayıda lokustan dizi verilerine sahip olduğunuzda ve seçilim altındaki lokusları belirlemek istediğinizde HKA testini uygulayın. Özellikle genom çapında tarama stratejilerinin bir parçası olarak değerlidir, burada binlerce lokusta nötrallikten sapmaları tararsınız. Test, yakın akraba türler ve mütevazı ayrışma zamanları için iyi çalışır. Türlerin çok uzak akraba olduğu (önemli çoklu ikameler) veya yakın zamanda gerçekleşen karışımın polimorfizm-ayrışma ilişkisini karmaşıklaştırdığı durumlarda testten kaçının.
Güçlü yönler & sınırlılıklar
- Tek lokuslu testlere kıyasla istatistiksel gücü artıran çok sayıda lokusu eş zamanlı kullanır
- Harici mutasyon oranı kalibrasyonu gerektirmez; ilişkiler verilerden çıkarılır
- Pozitif seçilimi, dengeleyici seçilimi ve demografik olayları tespit edebilir
- Hesaplama açısından basittir ve yaygın olarak uygulanır
- Lokuslar arası oran heterojenliğini doğal olarak barındırır
- Çok sayıda lokustan dizi verisi gerektirir, bazı alternatiflere göre daha fazla emek yoğundur
- Gücü, ayrışan bölgelerin sayısına bağlıdır; az polimorfizme sahip lokuslar az bilgi sağlar
- Lokuslar arası nötr ilişkinin homojen olduğunu varsayar; büyük mutasyon oranı farklılıkları seçilim sinyallerini gizleyebilir
- Farklı seçilim veya demografik süreç türlerini ayırt edemez
- Polimorfizm-ayrışma ilişkilerini değiştiren yakın karışım veya gen akışına duyarlıdır
SSS
Nötrallik altında beklenen polimorfizm-ayrışma ilişkisi nedir?
Sabit popülasyon büyüklüğüne sahip nötr evrim altında, polimorfizm ve ayrışma mutasyon oranlarıyla orantılıdır. Yüksek mutasyon oranlarına sahip lokuslar hem yüksek polimorfizm hem de yüksek ayrışma gösterir; düşük oranlı lokuslar her ikisi için de düşük değerler gösterir. Çok sayıda lokus boyunca çizildiğinde ilişki kabaca doğrusaldır.
Güvenilir bir HKA testi için kaç lokus gereklidir?
Minimum 5-10 lokus önerilir, ancak daha fazla lokus (20+) gücü önemli ölçüde artırır ve nötr parametrelerin sağlam bir şekilde tahmin edilmesini sağlar. Daha fazla lokus, daha zayıf seçilim sinyallerinin tespit edilmesini sağlar ve lokustan lokusa mutasyon oranı varyasyonunu hesaba katar.
HKA testi bağlantılı lokuslardaki seçilimi tespit edebilir mi?
Evet, bir lokustaki seçilim, bağlantı dengesizliği yoluyla bağlantılı bölgeleri etkiler. Ancak, seçilmiş bir lokus test ediliyorsa, azalmış polimorfizm dışarı doğru genişler ve polimorfizm-ayrışma desenini etkiler. Çözünürlük, rekombinasyon oranlarına ve seçilimin gücüne bağlıdır.
Lokuslar arasında polimorfizm ve ayrışma ilişkisizse ne olur?
İlişkisiz polimorfizm ve ayrışma, mutasyon oranlarının lokuslar arasında dramatik bir şekilde değiştiği veya demografik tarihin karmaşık olduğu anlamına gelebilir. Bu gibi durumlarda, nötr ilişki daha az nettir ve seçilimi demografiden ayırt etmek zorlaşır. Ek lokuslar veya bilgilere ihtiyaç duyulabilir.
Kaynaklar
- Hudson, R. R., Kreitman, M., & Aguadé, M. (1987). A test of neutral molecular evolution based on nucleotide data. Genetics, 116(1), 153–159. DOI: 10.1093/genetics/116.1.153 ↗
- Wakeley, J., Nielsen, R., Liu-Cordova, S. N., & Ardlie, K. (2012). The discovery of single-nucleotide polymorphisms and inferences about human demographic history. American Journal of Human Genetics, 69(6), 1332–1347. link ↗
- Biswas, S., & Akey, J. M. (2006). Genome-wide scan for selection on derived alleles. Evolutionary Biology, 36(1), 64–79. link ↗
Bu sayfayı kaynak gösterin
ScholarGate. (2026, June 3). Hudson-Kreitman-Aguade Test for Detecting Selection. ScholarGate. https://scholargate.app/tr/genetics/hka-test
Hangi yöntem?
Bu yöntemi en yakın akrabalarının yanına koyup yan yana okuyun — kütüphane kitapları masaya serer; seçim sizindir.
- Koalesan TeorisiGenetik↔ karşılaştır
- F-istatistikleri (FST)Genetik↔ karşılaştır
- McDonald-Kreitman TestiGenetik↔ karşılaştır
- Tajima'nın D Testi (Seçilim Sürüklenmesi)Genetik↔ karşılaştır