Time-series gene set enrichment analysis
Time-series gene set enrichment analysis (TS-GSEA) extends the classical GSEA framework to detect biologically coordinated gene sets — pathways, gene ontology terms, or curated signatures — whose collective expression changes meaningfully over time. Rather than comparing two snapshots, it models the full temporal trajectory of gene expression to identify which functional programs are activated, suppressed, or dynamically remodelled during a biological process such as development, treatment response, or disease progression.
Källpost
Citat kopierade ordagrant från metodens källpost. Ingen verifiering på källnivå härleds från dem.
- Subramanian, A., Tamayo, P., Mootha, V. K., Mukherjee, S., Ebert, B. L., Gillette, M. A., Paulovich, A., Pomeroy, S. L., Golub, T. R., Lander, E. S., & Mesirov, J. P. (2005). Gene set enrichment analysis: A knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proceedings of the National Academy of Sciences, 102(43), 15545–15550. · DOI 10.1073/pnas.0506580102
- Nueda, M. J., Tarazona, S., & Conesa, A. (2014). Next maSigPro: updating maSigPro bioconductor package for RNA-seq time series. Bioinformatics, 30(18), 2598–2602. · DOI 10.1093/bioinformatics/btu333
Kuraterade påståenden
Påståenden lagrade i bevisloggen, var och en med sin egen bedömning.
Denna vy hittar inte på en påståendebedömning när loggen saknar en.
Relaterade metoder
Genererade från metodgrafen och visade som maskinföreslagna relationer – inga bevispåståenden härleds.