Pozivanje varijanti pojedinačnih ćelija — detekcija mutacija na ćelijskoj rezoluciji
Pozivanje varijanti pojedinačnih ćelija (single-cell variant calling) je bioinformatički postupak koji identifikuje varijante DNK sekvence — jednonukleotidne varijante (SNV), male insercije i delecije, kao i promene broja kopija — unutar pojedinačnih ćelija, a ne u mešavini tkiva. Rešavanjem mutacionog pejzaža ćeliju po ćeliju, otkriva intratumorsku heterogenost, klonsku arhitekturu i obrasce somatskih mutacija koje masovno sekvenciranje (bulk sequencing) prikriva. Ovaj pristup je ključan za genomiku raka, razvojnu biologiju i svaku studiju gde je genetska raznolikost od ćelije do ćelije primarno pitanje.
Pročitajte celu metodu
Prijavite se besplatnim nalogom da biste pročitali ovaj odeljak.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Izvori
- Zafar, H., Wang, Y., Nakhleh, L., Navin, N., & Chen, K. (2016). Monovar: single-nucleotide variant detection in single cells. Nature Methods, 13(6), 505–507. DOI: 10.1038/nmeth.3835 ↗
- Singer, J., Ruscheweyh, H. J., Doherr, M. G., Stadler, T., & Althaus, C. L. (2021). Single-nucleotide variant calling in single-cell sequencing data with piccolo. BMC Bioinformatics, 22(1), 333. link ↗
Kako citirati ovu stranicu
ScholarGate. (2026, June 3). Single-Cell Genomic Variant Calling. ScholarGate. https://scholargate.app/sr/bioinformatics/single-cell-variant-calling
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- Analiza varijacija broja kopijaBioinformatika↔ compare
Citirana u
Uočili ste grešku na ovoj stranici? Prijavite je ili predložite ispravku →