Jednoćelijsko poravnavanje sekvenci — mapiranje očitavanja scRNA-seq
Jednoćelijsko poravnavanje sekvenci je računarski korak koji mapira milione kratkih sekvenciranih očitavanja proizvedenih eksperimentima jednoćelijske RNA-seq nazad na referentni genom ili transkriptom. Za razliku od poravnavanja skupne RNA-seq, svako očitavanje nosi ćelijski bar kod i jedinstveni molekularni identifikator (UMI) koji zajedno identifikuju ćeliju porekla i pojedinačnu RNA molekulu. Precizno poravnavanje i demultipleksiranje bar kodova su preduslovi za konstruisanje matriksa broja ćelija po genu koji pokreće sve nizvodne jednoćelijske analize.
Pročitajte celu metodu
Prijavite se besplatnim nalogom da biste pročitali ovaj odeljak.
Method map
The neighbourhood of related methods — select a node to explore.
Izvori
- Dobin, A., Davis, C. A., Schlesinger, F., Drenkow, J., Zaleski, C., Jha, S., Batut, P., Chaisson, M., & Gingeras, T. R. (2013). STAR: ultrafast universal RNA-seq aligner. Bioinformatics, 29(1), 15–21. DOI: 10.1093/bioinformatics/bts635 ↗
- Smith, T., Heger, A., & Sudbery, I. (2017). UMI-tools: modeling sequencing errors in Unique Molecular Identifiers to improve quantification accuracy. Genome Research, 27(3), 491–499. DOI: 10.1101/gr.209601.116 ↗
Kako citirati ovu stranicu
ScholarGate. (2026, June 3). Single-cell RNA-seq Sequence Alignment. ScholarGate. https://scholargate.app/sr/bioinformatics/single-cell-sequence-alignment
Which method?
Set this method beside its closest kin and read them side by side — the library lays the books on the table; the choice is yours.
- RNA-seq Differential ExpressionBioinformatika↔ compare
Citirana u
Uočili ste grešku na ovoj stranici? Prijavite je ili predložite ispravku →