Выравнивание одноклеточных последовательностей — картирование прочтений scRNA-seq

Выравнивание одноклеточных последовательностей — это вычислительный этап, который сопоставляет миллионы коротких прочтений секвенирования, полученных в результате экспериментов по секвенированию РНК отдельных клеток (single-cell RNA-seq), с референсным геномом или транскриптомом. В отличие от выравнивания объемной РНК-seq, каждое прочтение содержит клеточный штрих-код (cell barcode) и уникальный молекулярный идентификатор (Unique Molecular Identifier, UMI), которые вместе идентифицируют исходную клетку и индивидуальную молекулу РНК. Точное выравнивание и демультиплексирование штрих-кодов являются необходимыми условиями для построения матрицы подсчета «клетка-ген», которая лежит в основе всех последующих анализов отдельных клеток.