Де ново сборка транскриптома
Де ново сборка транскриптома реконструирует полноразмерные последовательности матричной РНК непосредственно из секвенированных прочтений без необходимости в референсном геноме. Разработанный Регевым, Хаасом и их коллегами, этот конвейер позволяет обнаруживать транскрипты у немодельных организмов и выявлять новые изоформы, слитые гены и варианты сплайсинга.
Читать метод полностью
Войдите с бесплатным аккаунтом, чтобы прочитать этот раздел.
Карта метода
Окружение родственных методов — выберите узел, чтобы перейти к нему.
Источники
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Как цитировать эту страницу
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/ru/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Какой метод?
Поставьте этот метод рядом с ближайшими родственными и прочитайте их бок о бок — библиотека выкладывает книги на стол, а выбор за вами.
- Анализ CRISPR-скринингаБиоинформатика↔ сравнить
- Поиск по профилю HMMERБиоинформатика↔ сравнить
- Метагеномный биннингБиоинформатика↔ сравнить
Упоминается в
Нашли ошибку на этой странице? Сообщите о ней или предложите исправление →