Time-series ChIP-seq peak calling
Time-series ChIP-seq peak calling extends standard chromatin immunoprecipitation sequencing analysis to samples collected at multiple time points. By identifying and comparing protein-DNA binding peaks across a temporal dimension, the method reveals how transcription factor occupancy, histone modifications, or chromatin remodeler binding evolve during biological processes such as differentiation, circadian cycles, or stimulus response.
Kilderegister
Siteringer kopiert ordrett fra metodens kilderegister. Ingen påstandsnivåverifisering er underforstått fra dem.
- Landt, S. G., Marinov, G. K., Kundaje, A., Kheradpour, P., Pauli, F., Batzoglou, S., ... & Snyder, M. (2012). ChIP-seq guidelines and practices of the ENCODE and modENCODE consortia. Genome Research, 22(9), 1813–1831. · DOI 10.1101/gr.136184.111
- Haiminen, N., Karlebach, G., Kharchenko, P. V., & Lähdesmäki, H. (2018). TimeChIP: time-series peak calling for ChIP-seq data. Bioinformatics, 34(24), 4161–4167. · URL
Kuraterte påstander
Påstander lagret i bevishovedboken, hver med sin egen vurdering.
Denne visningen finner ikke opp en påstandsvurdering når hovedboken ikke har noen.
Relaterte metoder
Generert fra metodegrafen og vist som maskinforslåtte relasjoner – ingen bevispåstand er underforstått.