De Novo Transkriptommontering
De novo transkriptommontering rekonstruerer full-lengde messenger-RNA-sekvenser direkte fra sekvenseringslesninger uten behov for et referansesgenom. Denne pipelinen, pionert av Regev, Haas og kolleger, muliggjør transkriptoppdagelse i ikke-modellorganismer og deteksjon av nye isoformer, fusjonsgener og spleisevarianter.
Les hele metoden
Logg inn med en gratis konto for å lese denne delen.
Metodekart
Nabolaget av beslektede metoder — velg en node for å utforske.
Kilder
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Slik siterer du denne siden
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/no/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Hvilken metode?
Sett denne metoden ved siden av sin nærmeste slektning og les dem side om side — biblioteket legger bøkene på bordet; valget er ditt.
- CRISPR-skjermanalyseBioinformatikk↔ sammenlign
- HMMER-profilsøkBioinformatikk↔ sammenlign
- Metagenomisk binningBioinformatikk↔ sammenlign
Referert av
Funnet en feil på denne siden? Rapporter eller foreslå en rettelse →