Metagenoom Binning
Metagenoom binning partitioneert geassembleerde contigs uit complexe microbiële gemeenschappen in afzonderlijke genoom-bins, die elk een individueel organisme of stam vertegenwoordigen. Gepionierd door Banfield en collega's, isoleert deze pijplijn genoomsequenties van enkelvoudige organismen (metagenoom-geassembleerde genomen of MAGs) uit omgevingsmonsters zonder dat er gekweekte isolaten nodig zijn.
Lees de volledige methode
Log in met een gratis account om dit onderdeel te lezen.
Methodenkaart
De omgeving van verwante methoden — selecteer een knooppunt om te verkennen.
Bronnen
- Kang, D. D., Froula, J., Egan, R., & Wang, Z. (2015). MetaBAT, an efficient tool for accurately reconstructing single genomes from complex microbial communities. PeerJ, 3, e1165. DOI: 10.7717/peerj.1165 ↗
- Jain, C., Rodriguez-R, L. M., Phillippy, A. M., Konstantinidis, K. T., & Aluru, S. (2018). High throughput ANI analysis of 90K prokaryotic genomes reveals clear species boundaries. Nature Communications, 9(1), 4045. DOI: 10.1038/s41467-018-07641-9 ↗
- Sieber, C. M. K., Probst, A. J., Sharrar, A., Thomas, B. C., Hess, M., Tringe, S. G., & Banfield, J. F. (2018). Recovery of genomes from metagenomes via a dereplication, aggregation and scoring strategy. Nature Microbiology, 3(7), 836-843. DOI: 10.1038/s41564-018-0171-1 ↗
Deze pagina citeren
ScholarGate. (2026, June 3). Metagenome Assembly and Genome Binning. ScholarGate. https://scholargate.app/nl/bioinformatics/metagenomic-binning
Welke methode?
Plaats deze methode naast haar naaste verwanten en lees ze naast elkaar — de bibliotheek legt de boeken op tafel; de keuze is aan u.
- CRISPR-screenanalyseBio-informatica↔ vergelijken
- De Novo Transcriptome AssemblyBio-informatica↔ vergelijken
- HMMER Profiel ZoekopdrachtBio-informatica↔ vergelijken
Geciteerd door
Een fout op deze pagina gezien? Meld het of stel een correctie voor →