De Novo Transcriptome Assembly
De novo transcriptome assembly reconstrueert volledige messenger-RNA-sequenties rechtstreeks uit sequencing reads, zonder dat daarvoor een referentiegenoom nodig is. Deze pijplijn, gepionierd door Regev, Haas en collega's, maakt de ontdekking van transcripten in niet-modelorganismen en de detectie van nieuwe isoformen, fusiegenen en splicevarianten mogelijk.
Lees de volledige methode
Log in met een gratis account om dit onderdeel te lezen.
Methodenkaart
De omgeving van verwante methoden — selecteer een knooppunt om te verkennen.
Bronnen
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Deze pagina citeren
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/nl/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Welke methode?
Plaats deze methode naast haar naaste verwanten en lees ze naast elkaar — de bibliotheek legt de boeken op tafel; de keuze is aan u.
- CRISPR-screenanalyseBio-informatica↔ vergelijken
- HMMER Profiel ZoekopdrachtBio-informatica↔ vergelijken
- Metagenoom BinningBio-informatica↔ vergelijken
Geciteerd door
Een fout op deze pagina gezien? Meld het of stel een correctie voor →