Bayesian Microbiome Diversity Analysis
Bayesian microbiome diversity analysis applies probabilistic models — chiefly Dirichlet-Multinomial and related hierarchical frameworks — to 16S rRNA or shotgun metagenomic count data to estimate alpha-diversity (within-sample richness and evenness) and beta-diversity (between-sample compositional differences) while propagating uncertainty through the entire inference chain. Unlike frequentist rarefaction-based approaches, Bayesian methods treat taxon counts as draws from a latent composition, enabling credible intervals on diversity metrics and principled comparison across groups with unequal sequencing depth.
Record di origine
Citazioni copiate testualmente dal record di origine del metodo. Non si inferisce alcuna verifica a livello di affermazione da esse.
- Holmes, I., Harris, K., & Quince, C. (2012). Dirichlet Multinomial Mixtures: Generative Models for Microbial Metagenomics. PLOS ONE, 7(2), e30126. · URL
- La Rosa, P. S., Brooks, J. P., Deych, E., Boone, E. L., Edwards, D. J., Wang, Q., Sodergren, E., Weinstock, G., & Shannon, W. D. (2012). Hypothesis Testing and Power Calculations for Taxonomic-Based Human Microbiome Data. PLOS ONE, 7(12), e52078. · URL
Affermazioni curate
Affermazioni persistite nel registro delle evidenze, ciascuna con la propria valutazione.
Questa vista non inventa una valutazione dell'affermazione quando il registro non ne ha.
Metodi correlati
Generato dal grafo dei metodi e mostrato come relazioni suggerite dalla macchina — nessuna affermazione di evidenza viene inferita.