Klasifikasi Enzim dan Penomoran EC

Klasifikasi enzim mengorganisir ribuan enzim yang diketahui berdasarkan reaksi kimia yang dikatalisisnya, bukan berdasarkan struktur atau asalnya. Sistem penomoran Enzyme Commission (EC) memberikan setiap aktivitas katalitik nomor empat bagian, memberikan label yang unik dan tidak bergantung pada bahasa untuk setiap enzim yang telah dikarakterisasi kepada para ahli biologi dan klinisi.

Definition

Penomoran EC adalah klasifikasi hierarkis, yang dipelihara oleh IUBMB, di mana setiap aktivitas enzim diberi nomor empat bagian (misalnya EC 1.1.1.1) yang mengkodekan kelas reaksi, subkelas, sub-subkelas, dan pengidentifikasi serialnya.

Scope

Entri ini mencakup prinsip klasifikasi berbasis reaksi, tujuh kelas EC tingkat atas dan arti nomor EC empat bagian, perbedaan antara nomor EC (suatu aktivitas) dan gen atau protein, serta sumber daya terkurasi yang memelihara sistem tersebut. Ini adalah perlakuan referensi nomenklatur enzim, bukan panduan klinis.

Core questions

• Atas dasar apa enzim diklasifikasikan?
• Apa yang diwakili oleh tujuh kelas EC tingkat atas?
• Apa arti setiap dari empat angka dalam kode EC?
• Mengapa nomor EC menggambarkan suatu aktivitas daripada protein spesifik?

Key concepts

• Klasifikasi berbasis reaksi
• Nomor EC empat bagian
• Tujuh kelas EC (oksidoreduktase, transferase, hidrolase, liase, isomerase, ligase, translokase)
• Nama sistematis versus nama yang direkomendasikan (trivial)
• Aktivitas versus identitas gen/protein
• Sumber daya nomenklatur terkurasi (ENZYME, BRENDA)

Mechanisms

Setiap enzim ditetapkan ke salah satu dari tujuh kelas tingkat atas berdasarkan jenis reaksi yang dikatalisisnya: oksidoreduktase (kelas 1), transferase (2), hidrolase (3), liase (4), isomerase (5), ligase (6), dan translokase (7, ditambahkan pada tahun 2018). Nomor EC empat bagian kemudian mempersempit deskripsi secara hierarkis, digit pertama memberikan kelas, dua berikutnya memberikan subkelas dan sub-subkelas (biasanya ikatan atau gugus yang bekerja), dan yang keempat adalah nomor seri untuk aktivitas spesifik. Karena kode tersebut menggambarkan suatu reaksi, satu nomor EC dapat sesuai dengan beberapa protein atau gen yang berbeda, dan satu protein dapat memiliki lebih dari satu nomor EC. Sistem ini dikurasi dan diperbarui oleh IUBMB dan didistribusikan melalui sumber daya seperti database ENZYME dan BRENDA.

Clinical relevance

Nomor EC menyediakan pengidentifikasi standar yang digunakan untuk merujuk enzim dalam database, deskripsi target obat, dan peta jalur metabolisme, sehingga sistem ini mendasari bagaimana informasi enzim dibagikan dalam biomedis. Entri ini menjelaskan kerangka penamaan dan bukan merupakan dasar untuk keputusan diagnostik atau pengobatan.

Evidence & guidelines

Klasifikasi ini didefinisikan oleh rekomendasi Komite Nomenklatur IUBMB dan dipelihara dalam database terkurasi termasuk ENZYME dan BRENDA, yang berfungsi sebagai referensi otoritatif untuk penugasan EC.

History

Komisi Enzim internasional dibentuk pada pertengahan abad kedua puluh untuk menertibkan proliferasi nama enzim yang tidak konsisten, dan memperkenalkan skema penomoran empat bagian berbasis reaksi yang telah dipelihara oleh IUBMB sejak saat itu. Sistem ini didigitalkan dalam database ENZYME (Bairoch, 2000) dan dilengkapi oleh sumber daya fungsional seperti BRENDA (Jeske dan rekan, 2019; Chang dan rekan, 2021). Pada tahun 2018, kelas ketujuh, translokase, ditambahkan untuk mengakomodasi enzim yang mengkatalisis pergerakan melintasi membran.

Key figures

• Amos Bairoch
• Dietmar Schomburg

Seminal works

• bairoch-2000
• iubmb-recommendations-2013

Frequently asked questions

Apa arti empat angka dalam kode EC?

Angka pertama menunjukkan kelas reaksi yang luas, angka kedua dan ketiga mempersempitnya menjadi subkelas dan sub-subkelas (biasanya ikatan atau gugus kimia yang terlibat), dan angka keempat adalah nomor seri yang mengidentifikasi reaksi spesifik yang dikatalisis.

Apakah nomor EC mengidentifikasi satu gen atau protein?

Tidak. Nomor EC menamai suatu aktivitas katalitik, sehingga nomor yang sama dapat berlaku untuk beberapa protein yang tidak terkait, dan satu protein dapat memiliki beberapa nomor EC jika mengkatalisis lebih dari satu reaksi.