Perakitan Transkriptom De Novo
Perakitan transkriptom de novo merekonstruksi sekuens asam ribonukleat pembawa pesan (messenger RNA/mRNA) sepanjang penuh langsung dari bacaan sekuensing tanpa memerlukan genom referensi. Dipelopori oleh Regev, Haas, dan kolega, alur kerja ini memungkinkan penemuan transkrip pada organisme non-model dan deteksi isoform baru, gen fusi, dan varian sambung (splice variants).
Baca metode selengkapnya
Masuk dengan akun gratis untuk membaca bagian ini.
Peta metode
Lingkup metode terkait — pilih sebuah simpul untuk menjelajah.
Sumber
- Grabherr, M. G., Haas, B. J., Yassour, M., Levin, J. Z., Thompson, D. A., Amit, I., ... & Regev, A. (2011). Full-length transcriptome assembly from RNA-Seq data without a reference genome. Nature Biotechnology, 29(7), 644-652. DOI: 10.1038/nbt.1883 ↗
- Haas, B. J., Papanicolaou, A., Yassour, M., Grabherr, M., Blood, P. D., Bowden, J., ... & Regev, A. (2013). De novo transcript sequence reconstruction from RNA-seq using the Trinity platform for reference generation and analysis. Nature Protocols, 8(8), 1494-1512. DOI: 10.1038/nprot.2013.084 ↗
- Pertea, M., Pertea, G. M., Antonescu, C. M., Chang, T. C., Mendell, J. T., & Salzberg, S. L. (2015). StringTie enables improved assembly of novel transcripts from RNA-seq data. Nature Biotechnology, 33(3), 290-295. link ↗
Cara menyitasi halaman ini
ScholarGate. (2026, June 3). De Novo RNA-Seq Transcriptome Assembly. ScholarGate. https://scholargate.app/id/bioinformatics/de-novo-transcriptome-assembly
Metode yang mana?
Letakkan metode ini berdampingan dengan kerabat terdekatnya dan baca secara bersisian — pustaka menata bukunya di atas meja; pilihan ada di tangan Anda.
- Analisis Skrining CRISPRBioinformatika↔ bandingkan
- Pencarian Profil HMMERBioinformatika↔ bandingkan
- Pembagian MetagenomikBioinformatika↔ bandingkan
Dirujuk oleh
Menemukan masalah di halaman ini? Laporkan atau usulkan perbaikan →